Ωστόσο, έγινε περισσότερο γνωστός για το φιλολογικό του έργο, ως υπέρμαχος της δημοτικής γλώσσας, έχοντας ως σκοπό την επίλυση του ορθογραφικού ζητήματος. Το πιο γνωστό του έργο είναι το Γλώσσα και ζωή το οποίο έγραψε το 1908, το οποίο θεωρείται κλασικό θεωρητικό έργο του δημοτικισμού. Το βιβλίο αυτό απέκτησε ευρύτερη απήχηση, όχι μόνο εντός Ελλάδας, αλλά και σε σημαντικά κέντρα του ελληνισμού, με την 3η έκδοση του βιβλίου να τυπώνεται στην Κωνσταντινούπολη. Μετά την πρώτη έκδοση άρχισε και ο ίδιος να εφαρμόζει τις απόψεις του, καταργώντας από τα κείμενα του τα πνεύματα και χρησιμοποιώντας το απλό τονικό σύστημα. Σε άλλα σημαντικά του έργα περιλαμβάνονται τα εξής: Το μεγάλο πρόβλημα, Γλωσσολογικά πάρεργα, Γλώσσα και ορθογραφία και Συζητήσεις της εποχής.[3]
Απεβίωσε το 1942 στην Αθήνα. Μετά τον θάνατό του, ο Εμμανουήλ Κριαράς, συνέγραψε ένα βιβλίο αφιερωμένο στον Γιαννίδη, με τίτλο Ελισσαίος Γιαννίδης ο νηφάλιος (1999).[4]
Το 1981 ο Χριστόφορος Χρηστίδης εξέδωσε το έργο Ελυσαίος Γιαννίδης: Ο άνθρωπος, το έργο του (εκδόσεις Σχολή Μωραϊτη).