Ο τρόπος εκλογής Αρχιεπισκόπου στην Αυτοκέφαλη Ορθόδοξη Εκκλησία της Ελλάδος ορίζεται από τον Νόμο 590/1977 περί του Καταστατικού Χάρτη της Εκκλησίας της Ελλάδος.^[1]

Αρχικά ο Αρχιεπίσκοπος διοριζόταν από την κυβέρνηση ενώ στη συνέχεια από τον ίδιο τον Βασιλιά. Από το 1923 η ευθύνη για την εκλογή Αρχιεπισκόπου περιήλθε στην ίδια την Εκκλησία, η οποία μέσω της Ιεράς Συνόδου εξέλεγε τον Αρχιεπίσκοπο.^[1] Η πρωτοβουλία ανήκε στην τότε Επαναστατική Επιτροπή, η οποία με απόφασή της, που δημοσιεύθηκε στην Εφημερίδα της Κυβέρνησης στις 14 Δεκεμβρίου 1923, ανέθετε την ευθύνη της διοίκησης της Εκκλησίας στην Ιερά Σύνοδο. Με τον νόμο 1493/1938 περί εκλογής Αρχιεπισκόπου Αθηνών και των Μητροπολιτών του Βασιλείου η εκλογή του Αρχιεπισκόπου έπαυε να γίνεται από τη Σύνοδο της Ιεραρχίας και οριζόταν να γίνεται από ολιγομελή Διαρκή Σύνοδο.^[2] Λίγο αργότερα η εκλογή του Αρχιεπισκόπου ορίστηκε να γίνεται από επταμελή σύνοδο, σύστημα το οποίο συνεχίστηκε και μέχρι την εγκαθίδρυση της Χούντας των Συνταγματαρχών.^[2] Με την εγκαθίδρυση της δικτατορίας η εκλογή του Αρχιεπισκόπου ανατέθηκε σε μία αριστίνδην Σύνοδο, η οποία και εξέλεξε ως Αρχιεπίσκοπο τον Ιερώνυμο Α΄.^[3] Μετά την πτώση της Χούντας, συγκροτήθηκε Ιερά Σύνοδος της Ιεραρχίας με το υπ' αριθμόν 274 νομοθετικό διάταγμα, η οποία ανέλαβε να εκλέξει Αρχιεπίσκοπο. Η Σύνοδος αποτελούταν από τους Μητροπολίτες που είχαν εκλεγεί πριν από την 21η Απριλίου 1967, Αρχιεπίσκοπος δε εξελέγη ο Σεραφείμ.^[4]

Σε όλες τις περιόδους απαραίτητη ήταν η έκδοση πράξεως διορισμού από την Πολιτεία για την επικύρωση της εκλογής του Αρχιεπισκόπου.

Τον τρόπο εκλογής καθορίζουν τα άρθρα 12-16 του Νόμου 590/1977. Μετά τον θάνατο ή την έκπτωση του Αρχιεπισκόπου αναλαμβάνει τοποτηρητής του χηρεύοντος θρόνου ο έχων τα πρεσβεία της αρχιερωσύνης από τους εν ενεργεία μητροπολίτες, σε περίπτωση δε κωλύματος ή άρνησης αντικαθίσταται από τον επόμενο τη τάξει. Εντός πέντε ημερών από την ημέρα χηρείας του θρόνου συνέρχεται η Διαρκής Ιερά Σύνοδος υπό την προεδρία του τοποτηρητή του αρχιεπισκοπικού θρόνου και ορίζει έκτακτη σύγκληση της Ιεράς Συνόδου της Ιεραρχίας με θέμα την εκλογή Αρχιεπισκόπου.^[5] Η ημέρα σύγκλησης της Ιεράς Συνόδου της Ιεραρχίας δεν μπορεί να απέχει περισσότερο των είκοσι ημερών από την ημέρα της χηρείας του θρόνου. Για τον αρχιεπισκοπικό θρόνο δεν κατατίθενται υποψηφιότητες. Εκλόγιμοι είναι όλοι οι Έλληνες το γένος εν ενεργεία Μητροπολίτες της Εκκλησίας της Ελλάδος καθώς και των άλλων Ορθοδόξων Εκκλησιών υπό την προϋπόθεση ότι είναι Έλληνες στο γένος.^[5] Επίσης, υποψήφιοι αυτομάτως θεωρούνται και όσοι είναι εγγεγραμμένοι στον κατάλογο των εκλογίμων για αρχιερατεία, δηλαδή οι υποψήφιοι Μητροπολίτες.^[5]

Η εκλογή πραγματοποιείται στον Μητροπολιτικό Καθεδρικό Ιερό Ναό Αθηνών σε μία μόνο συνεδρία χωρίς διακοπή, παρίσταται δε και ο εκάστοτε υπουργός Παιδείας, Δια Βίου Μάθησης και Θρησκευμάτων, ο οποίος καλείται εγγράφως, επί ποινή ακυρότητας^[1], από τον τοποτηρητή.^[1] Σε περίπτωση μη προσέλευσής του η διαδικασία θεωρείται έγκυρη. Για να υπάρχει απαρτία απαιτούνται τα 2/3 των Μητροπολιτών, ενώ σε περίπτωση που δεν συγκεντρωθεί ορίζεται νέα Ιερά Σύνοδος της Ιεραρχίας χωρίς κάποια άλλη διαδικασία την επόμενη εργάσιμη μέρα στον ίδιο τόπο και την ίδια ώρα, θεωρούμενη έγκυρη ανεξαρτήτως αριθμού Μητροπολιτών. Στη συνεδρίαση προεδρεύει ο παλαιότερος εν ενεργεία Μητροπολίτης, ο οποίος είναι και πρόεδρος της τριμελούς εφορευτικής επιτροπής, η οποία συμπληρώνεται με τους δύο αμέσως επόμενους, κατά τα πρεσβεία της αρχιερωσύνης, ιεράρχες. Γραμματέας της Ιεράς Συνόδου ορίζεται ο νεότερος της Ιεραρχίας. Οι ενστάσεις επί της διαδικασίας μπορούν να υποβληθούν μόνο κατά τη συνεδρίαση και επιλύονται αμέσως από τον παριστάμενο υπουργό Παιδείας, Δια Βίου Μάθησης και Θρησκευμάτων ή, σε περίπτωση που δεν προσήλθε, από την τριμελή εφορευτική επιτροπή.^[6] Στην απόφαση επί της ενστάσεως δεν χωρά έφεση ούτε ανάκληση.^[1]

Για να εκλεγεί κάποιος Αρχιεπίσκοπος απαιτείται απόλυτη πλειοψηφία επί των ψηφισάντων.^[6] Σε περίπτωση μη συγκέντρωσης της απαιτούμενης πλειοψηφίας, η ψηφοφορία επαναλαμβάνεται. Αν και στη δεύτερη ψηφοφορία δεν καταστεί δυνατό να εκλεγεί κάποιος, διενεργείται και τρίτη, στην οποία όμως απαιτείται απλή πλειοψηφία. Αν υπάρξει ισοψηφία, τότε ο Αρχιεπίσκοπος αναδεικνύεται με εκλογή μεταξύ αυτών που ισοψήφισαν.^[6] Αφού εκλεγεί, η πολιτεία υποχρεούται να εκδόσει προεδρικό διάταγμα περί αναγνωρίσεως και καταστάσεως του νέου Αρχιεπισκόπου. Μετά τη δημοσίευση του διατάγματος, ο νέος Αρχιεπίσκοπος δίνει ενώπιον του Προέδρου της Δημοκρατίας παρουσία της Διαρκούς Συνόδου και του υπουργού Παιδείας, Δια Βίου Μάθησης και Θρησκευμάτων τη διαβεβαίωση ότι θα εκπληρώνει τα αρχιεπισκοπικά του καθήκοντα.

Στις 12 Ιανουαρίου 1974, ο Τοποτηρητής του Αρχιεπισκοπικού Θρόνου Μητροπολίτης Καλαβρύτων και Αιγιαλείας Γεώργιος και με άδεια του Προέδρου Δημήτρη Ιωαννίδη, συγκάλεσε διευρυμένη «Αριστίνδην Σύνοδο» καλούμενη «Πρεσβυτέρα Ιεραρχία», συγκροτημένη από 32 μητροπολίτες, με παρόντες τους 30.

Πραγματοποιήθηκε μόνο μία ψηφοφορία:

Στις 28 Απριλίου 1998, μετά τον θάνατο του Αρχιεπισκόπου Αθηνών Σεραφείμ, ο Τοποτηρητής του Αρχιεπισκοπικού Θρόνου Μητροπολίτης Μεσσηνίας Χρυσόστομος συγκάλεσε Έκτακτη Ιερά Σύνοδο της Ιεραρχίας για την εκλογή του νέου Αρχιεπισκόπου. Κατά την Έκτακτη Συνεδρίαση πραγματοποιήθηκαν τρεις αλλεπάλληλες ψηφοφορίες:

Στις 7 Φεβρουαρίου 2008, μετά τον θάνατο του Αρχιεπισκόπου Αθηνών Χριστοδούλου, ο Τοποτηρητής του Αρχιεπισκοπικού Θρόνου Μητροπολίτης Καρυστίας και Σκύρου Σεραφείμ συγκάλεσε Έκτακτη Ιερά Σύνοδο της Ιεραρχίας για την εκλογή του νέου Αρχιεπισκόπου. Κατά την Έκτακτη Συνεδρίαση πραγματοποιήθηκαν δύο ψηφοφορίες: