Γεννήθηκε στη Βαλαβίστα της Μακεδονίας (σημερινό Σιδηρόκαστρο Σερρών), ορίστηκε Συναυτοκράτορας από τον πατέρα του σε ηλικία 17 ετών (2 Αυγούστου 1142) και πέθανε αιφνίδια από πυρετό στην Αττάλεια, στην Παμφυλία. Την επόμενη χρονιά (1143) πέθανε και ο πατέρας του σε ατύχημα. Η βασιλεία του πατέρα του θεωρείται λιγότερη σημαντική σε σχέση με του παππού του Αλεξίου Α΄ Κομνηνού ή του αδελφού του Μανουήλ Α΄, γι' αυτό οι πηγές που σχετίζονται με τον Συναυτοκράτορα Αλέξιο είναι ελλιπείς. Ο Πτωχοπρόδρομος χαιρετίζει τον Ιωάννη Β΄ και τον μεγαλύτερο αδελφό του Αλέξιο με την φράση «βασιλείς που γεννήθηκαν από βασιλείς και αυτοκράτορες, μεταρρυθμιστές των παλιότερων εθίμων και προνομίων, το σκήπτρο και η βασιλική εξουσία είναι για αυτούς πατρική κληρονομιά[4]».
Το διάστημα που ήταν συναυτοκράτορας φτιάχτηκε το ψηφιδωτό στην Αγία Σοφία της Κωνσταντινούπολης, το οποίο αναπαριστά τον Ιωάννη Β΄, τη σύζυγό του και τον Αλέξιο. Επίσης σε ένα εικονογραφημένο χειρόγραφο απεικονίζεται ο Χριστός με την Ελεημοσύνη και τη Δικαιοσύνη προσωποποιημένες εκατέρωθεν αυτού να στέφει τους δύο Αυτοκράτορες με τις επιγραφές: «Ιωάννης εν Χριστώ τω Θεώ πιστός βασιλεύς πορφυρογέννητος και Αυτοκράτωρ Ρωμαίων ο Κομνηνός» και «Αλέξιος εν Χριστώ τω Θεώ πιστός βασιλεύς πορφυρογέννητος ο Κομνηνός».
Θάνατος
Ο αιφνίδιος θάνατός του σε ηλικία 36 ετών περιγράφεται ως εξής «ήταν μία αστραπιαία και πολύ σύντομη ασθένεια με την μορφή ψηλού πυρετού την ώρα που βρισκόταν στην Ακρόπολη[3]». Η τοποθεσία του θανάτου του ήταν η Αττάλεια, όπου ο πατέρας του είχε δημιουργήσει μία βάση με στόχο να φέρει την ειρήνη στην ευρύτερη περιοχή[5]. Ο δεύτερος αδελφός του Ανδρόνικος ανέλαβε να μεταφέρει τη σορό του Αλέξιου στην Κωνσταντινούπολη, αλλά πέθανε αμέσως μετά με τον ίδιο τρόπο[6]. Το καθήκον της μεταφοράς εκπλήρωσε τελικά για τον Αλέξιο και τον Ανδρόνικο ο τρίτος αδελφός τους Ισαάκιος.
Οικογένεια
Οι ιστορικοί αναφέρουν δύο κόρες ηγεμόνων, που παντρεύτηκαν μέλη του Οίκου των Κομνηνών. Ταιριάζει να είναι ο Αλέξιος Κομνηνός: νυμφεύτηκε πρώτα την Ντομπρότζεζα (Ευπραξία) των Ρουρικιδών, κόρη του Μστισλάβ Α΄ μεγάλου πρίγκιπα του Κιέβου και έπειτα την Κάτα (Ειρήνη) των Μπαγκρατιόνι, κόρη του Δαβίδ Δ΄ της Γεωργίας[γ]. Είχε κόρη τη:
Μαρία, που παντρεύτηκε τον Αλέξιο Αξούχο, πανσεβαστό, πρωτοστράτορα και δούκα της Κιλικίας, ήταν γιος του Ιωάννη Αξούχου και πιστός φίλος του Ιωάννη Β΄ αλλά έχασε σύντομα την εύνοια του Μανουήλ Α΄ (1167)[7][8].
Ο Ιωάννης Κίνναμος και ο Νικήτας Χωνιάτης κατηγόρησαν τον Αλέξιο Αξούχο ότι προκάλεσε μαζί με έναν «Λατίνο μάγο» στην αυτοκράτειρα Μαρία της Αντιόχειας μαγεία, πιθανότατα με χορήγηση φαρμάκων, με στόχο την αποβολή για να μην γεννήσει γιο[9]. Ο Αλέξιος Αξιούχος έζησε το υπόλοιπο διάστημα της ζωής του ως μοναχό[8]. Έχει βρεθεί σφραγίδα με την επιγραφή «Μαρία, σύζυγος Αλεξίου πρωτοστράτορος», παιδιά τους ήταν[10]:
↑Η Θεοφανώ ήταν μικρανεψιά του Νικηφόρου Β΄ και κόρη της εξαδέλφης του Ιωάννη Α΄.
↑Υπάρχουν τρεις απόψεις για τον σύζυγο της Κάτα (Ειρήνης): μπορεί να είναι ο Ισαάκιος Κομνηνός ή ο Αλέξιος Βρυέννιος, γιος της Άννας Κομνηνής ή ο Αλέξιος Κομνηνός (συναυτοκράτορας).