Το 1816 απεβίωσε ο πατέρας του και τον διαδέχθηκε. Το 1779 απεβίωσε ο Φρειδερίκος Ερρίκος Γουλιέλμος του Σλέσβιχ-Χόλσταϊν-Σόντερμπουργκ-Γκλύξμπουργκ· ήταν ο τελευταίος άρρην απόγονος του κλάδου του και τον διαδέχθηκε ο Φρειδερίκος ΣΤ΄ της Δανίας, ο οποίος παραχώρησε το Γκλύξμπουργκ στον Φρειδερίκο Γουλιέλμο. Στις 6 Ιουλίου 1825 ο Φρειδερίκος Γουλιέλμος άλλαξε τον τίτλο του από δούκας του Σλέσβιχ-Χόλσταϊν-Σόντερμπουργκ-Μπεκ σε δούκας του Σλέσβιχ-Χόλσταϊν-Σόντερμπουργκ-Γκλύξμπουργκ.
Απεβίωσε το 1831 στο Κάστρο Γκόττορπ του Σλέσβιχ, σε ηλικία 46 ετών[1][2]. Τον διαδέχθηκαν οι δύο πρώτοι γιοί του Κάρολος (που απεβίωσε άτεκνος) και Φρειδερίκος, που συνέχισε τον κύριο κλάδο του Οίκου (των δουκών του Σλέσβιχ-Χόλσταϊν-Σόντερμπουργκ-Γκλύξμπουργκ). Ο τέταρτος γιος του, Χριστιανός Θ΄ ήταν ο πλησιέστερος άρρην συγγενής του Φρειδερίκου Ζ΄ της Δανίας και έτσι έγινε διάδοχός του και ιδρυτής του κλάδου των Γκλύξμπουργκ-Δανίας.