Το Υπουργείο Μακεδονίας-Θράκης ήταν υπουργείο του ελληνικού κράτους κατά την περίοδο 1988-2009 και 2012-2015. Επρόκειτο για το Υπουργείο Βορείου Ελλάδος, το οποίο στις 19 Αυγούστου 1988 με απόφαση του Πρωθυπουργού Α. Παπανδρέου μετονομάστηκε σε Υπουργείο Μακεδονίας-Θράκης[1]. Καταργήθηκε, μετά από πρόταση του Πρωθυπουργού Γ. Παπανδρέου, στις 7 Οκτωβρίου 2009 με το Π.Δ. 185/2009[2] και μετατράπηκε στη Γενική Γραμματεία Μακεδονίας-Θράκης, η οποία υπήχθη στο Υπουργείο Εσωτερικών. Eπανιδρύθηκε, μετά από πρόταση του Πρωθυπουργού Α. Σαμαρά, στις 21 Ιουνίου 2012 με το Π.Δ. 85/2012[3], ενώ παράλληλα καταργήθηκε η Γενική Γραμματεία Μακεδονίας-Θράκης, οι υπηρεσίες της οποίας συγκρότησαν το επανιδρυθέν Υπουργείο Μακεδονίας και Θράκης. Στις 27 Ιανουαρίου 2015 αποφασίστηκε το Υπουργείο να καταργηθεί και να μετατραπεί σε Υφυπουργείο Μακεδονίας-Θράκης υπαγόμενο στο Υπουργείο Εσωτερικών και Διοικητικής Ανασυγκρότησης, το οποίο στην συνέχεια μετονομάστηκε σε Υπουργείο Εσωτερικών.
