Καθώς το Τοκελάου είναι σήμερα μη αυτοδιοικούμενο έδαφος της Νέας Ζηλανδίας, η σημαία της Νέας Ζηλανδίας είναι η επίσημη σημαία. Υπάρχει όμως και μία εναλλακτική σημαία, που πολύ συχνά χρησιμοποιούνταν από τους κατοίκους του νησιού και επισημοποιήθηκε από τη Βασίλισσα το 2009.

Η εναλλακτική και ανεπίσημη σημαία προτάθηκε το 1989.^[1] Τα τρία αστέρια στην ανεπίσημη σημαία (η οποία δε θα γινόταν επίσημη εάν άλλαζε το καθεστώς της χώρας, βάσει της απόφασης της Βουλής) συμβολίζουν τις τρεις ατόλλες που απαρτίζουν τα νησιά Τοκελάου.

Τον Ιούνιο του 2007 το τοπικό Κοινοβούλιο έλαβε αποφάσεις για τη σημαία, τον ύμνο και τα εθνικά σύμβολα του Τοκελάου.^[2] Η σημαία που προτάθηκε απεικόνιζε ένα καλλιτεχνικά σχεδιασμένο κανό με 4 αστέρια (σύμβολο των 3 κυρίων νησιών και επιπλέον του Νησιού Σουέινς (Swains Island), το οποίο τελεί από αμερικανική διοίκηση αλλά το διεκδικεί το Τοκελάου. Καθώς δεν επιτεύχθηκε η απαιτούμενη πλειοψηφία στο δημοψήφισμα για το μελλοντικό καθεστώς του Τοκελάου, που διεξήχθη το 2007, η σημαία αυτή δεν υιοθετήθηκε.

Τον Μάιο του 2008 εγκρίθηκαν από το τοπικό Κοινοβούλιο οι τελικές εκδόσεις των εθνικών συμβόλων. Το σχέδιο της σημαίας βασίστηκε στην πρόταση του 2007 με μικρές τροποποιήσεις στη διάταξη των αστεριών και στη χρήση του Σταυρού του Νότου ως συμβόλου της γεωγραφικής θέσης των νησιών.^[3] Την ίδια περίοδο εγκρίθηκε και ένα έμβλημα.

Η νέα σημαία παρουσιάστηκε από τον Γενικό Διοικητή στον Ούλου (αρχηγό κυβέρνησης) ως η πρώτη επίσημη σημαία του Τοκελάου στις 7 Σεπτεμβρίου του 2009. Τα εγκαίνια της σημαίας γίνονται στις 21 Οκτωβρίου του 2009.^[4]

• 
  Σημαία που προτάθηκε τη δεκαετία του 1980
• 
  Τροποποιημένη έκδοση της πρότασης του 2007