Το κλίμα στο Μαγκαντάν είναι υποαρκτικό. Τον χειμώνα συνήθως συμπληρώνονται μέχρι και έξι μήνες με το θερμόμετρο συνεχώς κάτω του μηδενός. Ως συνέπεια αυτού, το λιμάνι κλείνει τους τέσσερις πρώτους μήνες του έτους αφού η θάλασσα παγώνει - σε περίπτωση ανάγκης, χρησιμοποιούνται παγοθραυστικά. Η μέση θερμοκρασία κυμαίνεται από -22 °C τον Ιανουάριο μέχρι +12 τον Ιούλιο. Στο εσωτερικό της περιφέρειας οι κατώτατες θερμοκρασίες είναι ακόμα πιο ακραίες.
Η πόλη εξυπηρετείται από δύο αεροδρόμια, το Σοκόλ (κωδικός ΙΑΤΑ: GDX) και το μικρότερο Μαγκαντάν-13.
Ιστορία
Η πόλη ιδρύθηκε το 1933 από τον Εντουάρντ Μπέρζιν, διευθυντή της Ντάλστροϊ. Η Ντάλστροϊ ήταν ο οργανισμός που διαχειριζόταν τα προϊόντα των σταλινικών στρατοπέδων καταναγκαστικής εργασίας και σκοπός της νέας πόλης ήταν να αποτελέσει πύλη εισόδου (για τους κρατούμενους) και εξόδου (για τα πολύτιμα μέταλλα) των γκούλαγκ της ενδοχώρας. Κατά ειρωνεία της τύχης ο ίδιος ο Μπέρζιν συνελήφθη ως κατάσκοπος και τυφεκίσθηκε πέντε χρόνια αργότερα.
Αν και τα περισσότερα γκούλαγκ (ιδίως αυτά στα οποία φυλακίζονταν πολιτικοί κρατουμένοι) έκλεισαν κατά την περίοδο της αποσταλινοποίησης, η μεταλλευτική δραστηριότητα συνεχίσθηκε είτε από ποινικούς κρατουμένους είτε από εργάτες επί πληρωμή. Κρίση άρχισε να παρατηρείται μόλις στη δεκαετία του '80 και κορυφώθηκε στη δεκαετία του '90, όταν οι περισσότερες επιχειρήσεις ιδιωτικοποιήθηκαν και έκλεισαν, δημιουργώντας στρατιές ανέργων στο Μαγκαντάν.
Η τραγική ιστορία του Μαγκαντάν εξακολουθεί να στοιχειώνει το ρωσικό συλλογικό υποσυνείδητο. Ο δρόμος Μ56 που συνδέει την πόλη με το Γιακούτσκ, μήκους 2.032 χιλιομέτρων, αποκαλείται Δρόμος των Οστών, επειδή όσοι κατάδικοι πέθαιναν κατά την κατασκευή του θάβονταν επί τόπου κάτω από το χωμάτινο οδόστρωμα. Επίσης ακόμα και σήμερα το όνομα της πόλης είναι συνώνυμο με την εξορία, όπως επί παραδείγματι στην Ελλάδα ο Αη Στράτης.
Πρώην πολιτικοί κρατούμενοι ήταν και οι διασημότεροι κάτοικοι του Μαγκαντάν, ο τενόρος Βαντίμ Κοζίν και ο ζωγράφος Νικολάι Γκέτμαν. Αμφότεροι απελευθερώθηκαν από τα γκούλαγκ το 1953 και αποφάσισαν να μείνουν στην πόλη, ως επικεφαλής μορφωτικών φορέων.