Στην περιοχή του χωριού έχει τοποθετηθεί η αρχαία ρωμαϊκή πόλη Ιναχώριον.[3] Περίπου 200 μέτρα δυτικά του σημερινού χωριού έχουν εντοπιστεί δύο κιβωτιόσχημοι τάφοι, των οποίων τα κτερίσματα χρονολογήθηκαν στον 4ο αιώνα π.Χ.[4]
Το χωριό αναφέρεται από τον Φραντσέσκο Μπαρότσι το 1577 ως Aico Crimoni, στην επαρχία Κισάμου. Στην ενετική απογραφή του 1583 από τον Καστροφύλακα αναφέρεται ως Aico Cumeni με 91 κατοίκους και ο Φραντσέσκο Μπαζιλικάτα το 1630 αναφέρει το χωριό ως Cunenu Aico. Ο Στέργιος Σπανάκης αναφέρει ότι η ετυμολογία του ονόματος Κούνενι μπορεί να προέρχεται από την λατινική-ιταλική λέξη cuneo, η οποία σημαίνει σφήνα. Η λέξη Aico χρησιμοποιείται και σε άλλα χωριά της περιοχής και δεν είναι γνωστή η ετυμολογία της.[3]
Το 1881 ανήκε στον δήμο Εννέα Χωριών και σύμφωνα με την απογραφή είχε μαζί με την Τζιτζυφιά 476 κατοίκους, αμιγώς χριστιανούς. Στην απογραφή του 1900 είχε 467 κατοίκους και υπαγόταν στον ίδιο δήμο. Το 1920 είχε οριστεί έδρα ομώνυμου αγροτικού δήμου.[3] Το 1926 ορίστηκε έδρα της κοινότητα Κουνενίου, η οποία, μαζί τον οικισμό, ονομάστηκε κοινότητα Βάθης το 1957, μέχρι την Καποδιστριακή διοικητική διαίρεση το 1997, όταν εντάχθηκε στον δήμο Ιναχωρίου.[5]
Οι τοιχογραφίες του 13ου αιώνα στον ναό του Αγίου Γεωργίου.
Κοντά στο χώριο σώζονται βυζαντινοί ναοί. Ο ναός του Αγίου Γεωργίου στη συνοικία Βαϊδέδων είναι μονόχωρος καμαρόσκεπος και στο εσωτερικό του σώζονται σε καλή κατάσταση τοιχογραφίες. Σε κάθε πλευρά έχει ένα αψίδωμα. Στο παρελθόν διέθετε νάρθηκα, ο οποίος πλέον έχει καταστραφεί.[6] Με βάση την κτητορική επιγραφή του ναού, οικοδομήθηκε και αγιογραφήθηκε με έξοδα του ιερομόναχου Ιακώβου το έτος ,ςΨ Β (= 6792 = 1284).[3]
Ανάμεσα στις συνοικίες Βαϊδέδων και Τζιγιανά βρίσκεται ο μονόχωρος καμαρόσκεπος ναός του Αρχαγγέλου Μιχαήλ. Στο εσωτερικό του σώζονται σε καλή κατάσταση τοιχογραφίες δύο φάσεων. Η παλαιότερη φάση χρονολογείται από τον 14ο αιώνα και εντοπίζεται στην καμάρα και τους τοίχους του κυρίως ναού και η δεύτερη φάση χρονολογείται στο δεύτερο μισό του 14ου αιώνα και εντοπίζεται στο ιερό.[7] Ανάμεσα στις παραστάσεις βρίσκονται και δύο ασυνήθιστες, μια με τον αρχάγγελο μπροστά στα τείχη της Ιεριχούς και το Θαύμα των Χώνων.[3]
Στη συνοικία Γεωργιλιανά, δίπλα στον κεντρικό δρόμο αλλά σε χαμηλότερο επίπεδο, βρίσκεται ο τοιχογραφημένος ναός του Αγίου Βασιλείου. Πιθανόν χρονολογείται από τους βυζαντινούς χρόνους.[8] Στην κορυφή μικρού υψώματος στη συνοικία Πέρα Κούνενι βρίσκεται ο τοιχογραφημένος ναός του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου.[9]
_%CE%A7%CE%B1%CE%BD%CE%AF%CF%89%CE%BD_1013.jpg)
