Γεννήθηκε στην Αθήνα στις 7 Απριλίου του 1841.[2] Σπούδασε νομική στο Πανεπιστήμιο Αθηνών από το οποίο αποφοίτησε το 1864.[3] Αργότερα εργάστηκε ως ιστορικός, γεωγράφος και καθηγητής νομικής στο πανεπιστήμιο Αθηνών[3] και παράλληλα, διετέλεσε από το 1862 στενογράφος στo κοινοβούλιο,[4] θέση την οποία κράτησε μέχρι το θάνατό του.
Το διάστημα 1867 - 68, διετέλεσε γραμματέας της «Κεντρικής Επιτροπής» που διηύθυνε την Κρητική Επανάσταση που βρισκόταν σε εξέλιξη[2] ενώ το 1879 συμμετείχε στην ακολουθία της τριμερούς επιτροπής που στάλθηκε από την Ελλάδα στην οθωμανική, τότε, Πρέβεζα για να διαπραγματευτεί τον καθορισμό των νέων συνόρων μεταξύ των δύο κρατών.[2]
Το 1882, υπήρξε ένα από τα ιδρυτικά μέλη της Ιστορικής και Εθνολογικής Εταιρείας της Ελλάδος[5], στην οποία διετέλεσε έφορος του αρχείου και αργότερα ισόβιος γραμματέας, αναπτύσσοντας ποικίλο και σημαντικής σημασίας ερευνητικό έργο μέσω μελετών που κάλυπταν ζητήματα ιστορικού και γεωγραφικού περιεχομένου.[3]
Ο Μηλιαράκης συνέγραψε μια πληθώρα αξιόλογων ιστορικών και γεωγραφικών έργων τα οποία διακρίνονται για την επιστημονική μεθοδολογία και την έμφαση στα ιστορικά, δημογραφικά, εθνολογικά, πολιτισμικά, λαογραφικά στοιχεία.[6] Τρία από αυτά τα έργα, τα «Κυκλαδικά» ( 1874 ), η «Νεοελληνική γεωγραφική φιλολογία, ήτοι, κατάλογος των από του 1800-1889 γεωγραφηθέντων υπό Ελληνών» ( 1889 ) και η «Ιστορία του βασιλείου της Νικαίας και του Δεσποτάτου της Ηπείρου» βραβεύτηκαν από τον Σύλλογο προς προαγωγήν των ελληνικών σπουδών του Παρισιού.[6]
Άλλα συγγράμματα του Μηλιαράκη είναι τα «Υπομνήματα περιγραφικά των Κυκλάδων νήσων κατά μέρος» ( 1880, 1901 ), το εκδοθέν το 1876 «Ολίγαι λέξεις περί της καταγωγής του Σκενδέρμπεη» με το οποίο προσπάθησε να αντικρούσει τα επιχειρήματα Γερμανών ιστορικών περί σλαβικής καταγωγής του Γεωργίου Καστριώτη, η «Γεωγραφία Πολιτική Νέα και Αρχαία του Νομού Κεφαλληνίας» κ.ά.[2]
