Élie Faures Eltern waren der Weinhändler Pierre Faure (1834–1910) und Suzanne Louise Zéline Reclus (1836–1911), eine Schwester des Geographen und Anarchisten Élisée Reclus, des Ethnologen Élie Reclus und des Chirurgen Paul Reclus. Sein Großvater mütterlicherseits war der Pastor Jacques Reclus. Am 7. April 1896 heiratete Élie Faure Suzanne Gilard (1870–1958), Tochter des Pastors von Eynesse; sie hatten zusammen vier Kinder: