Yohann Ploquin begann bei Aunis HB in seiner Heimatstadt mit dem Handballspiel, bevor er 1996 zu Girondins Bordeaux kam. Dort debütierte er in der ersten französischen Liga. 1998 zog er – wie ein Jahr vor ihm bereits Jérôme Fernandez – weiter zu Sporting Toulouse 31, dem damaligen französischen Pokalsieger. Nach der Verletzung von VfL-Torwart Goran Stojanović wechselte Yohann Ploquin am 11. August 2008 zum VfL Gummersbach in die Handball-Bundesliga.[2] Nach zehn Wochen bei den Oberbergischen wechselte er nach dem Comeback von Goran Stojanović, zum BM Aragón.[3] Ab dem Sommer 2009 stand er beim französischen Verein Saint-Raphaël Var Handball unter Vertrag. Vier Jahre später schloss sich Ploquin dem Ligakonkurrenten Pays d’Aix UC an.[4] Ab dem Sommer 2015 steht er bei Chartres Métropole Handball 28 unter Vertrag.[5]