Bei der Shūgiin-Wahl 2000 trat Nishimura nach dem Rückzug Haras als Unabhängiger im Wahlkreis Hyōgo 9 gegen vier weitere Kandidaten an, unterlag jedoch als Zweitplatzierter dem LDP-Kandidaten Ichizō Miyamoto (宮本 一三, Miyamoto Ichizō; 1931–2016). Erst bei der Wahl 2003 setzte er sich gegen Miyamoto durch und wurde ins Unterhaus gewählt (Nishimura 40,8 %; Miyamoto 30,8 %); seither konnte er seinen Wahlkreis bei jeder Wahl bis einschließlich 2024 verteidigen. Im Januar 2004 trat Nishimura der LDP bei und übernahm seinen ersten Regierungsposten von 2008 bis 2009 im umgebildeten Kabinett Fukuda und Kabinett Asō als „parlamentarischer Staatssekretär“ im Außenministerium. Nach dem Regierungsverlust der LDP bei der Wahl 2009 wurde er zum Vorsitzenden des LDP-Präfekturverbandes Hyōgo ernannt und trat im September des Jahres bei der Wahl des LDP-Vorsitzenden an. Dort unterlag er mit 54 Stimmen deutlich Sadakazu Tanigaki (300 Stimmen) und Tarō Kōno (144 Stimmen).
Im August 2022 wurde Nishimura im umgebildeten zweiten Kabinett Kishida an die Spitze des Ministeriums für Wirtschaft und Industrie berufen. Im Dezember 2023 trat er wie drei weitere Minister der Abe-Faktion im Skandal um undeklarierte politische Gelder aus Kickbacks bei Faktionsfundraisern zurück.[1][2] Bei der Shūgiin-Wahl 2024 musste er ohne nationale LDP-Nominierung antreten, behielt aber die Wahlempfehlung der Kōmeitō und einzelner LDP-Ortsverbände und setzte sich mit 45,6 % auch als Unabhängiger gegen drei Kandidaten von KDP, Ishin no Kai und KPJ durch. Anschließend schloss er sich wieder der LDP-Shūgiin-Fraktion an.[3]
