Xebec wurde im Mai 1995 als Tochterunternehmen des Animationsstudios Production I.G gegründet und ist seit 2007 Teil der gemeinsamen Holding IG Port. Das Unternehmen beschäftigt 100 Mitarbeiter.[2] Eine Unterabteilung wurde mit dem Studio Xebec M2 etabliert, in dem zusätzlich 20 weitere Mitarbeiter beschäftigt wurden. Xebec M2 war verantwortlich für die Serien Petopeto-san, Hitohira und Zombie-Loan und zuletzt 2008 tätig.[3] 2012 wurde in Nerima das Studio Xebec Zwei (XEBECzwei) gegründet, das 2015 seine erste Serie Sōkyū no Fafner: Exodus veröffentlichte.[4]
Am 20. November 2018 verkaufte die Xebec-Muttergesellschaft IG Port das Studio an Sunrise, nachdem die Tochtergesellschaft in verschiedenen Jahren konstante Defizite hatte.[5]
Am 12. Januar 2019 wurde Xebeczwei, eine Tochtergesellschaft von Xebec, in die Production I.G. überführt, wurde zu einer Tochtergesellschaft und änderte ihren Namen entsprechend in IGzwei.[6]
Am 5. März 2019 gab Sunrise bekannt, dass sie ein neues Unternehmen, Sunrise Beyond, an der Adresse von Xebec gegründet haben, wobei die Geschäftstätigkeit von Xebec auf sie übertragen wurde.[7]
Xebec hat am 31. Mai 2019 seine Existenz als Geschäftseinheit eingestellt. Die Postproduktionsteams, die nicht Teil des Verkaufs an Sunrise waren, wurden aufgeteilt und in mehrere IG-Port-Gesellschaften konsolidiert, aber Production I.G erbte das Vermögen des Unternehmens. Das Copyright von Xebec-Vergangenheitswerken wurde an die IG Port Gruppe als Ganzes zurückgesetzt.