Er durchfließt zunächst in westlicher Richtung Friesenhagen, nimmt dann von rechts den Wildenburger Bach auf und wechselt dann seine Laufrichtung nach Süden. Bei Steeg fließt er südwestwärts und passiert dann die Grenze von Rheinland-Pfalz nach Nordrhein-Westfalen.
Die Wisser läuft in westlicher Richtung am Südrand von Morsbach entlang und wird dort auf ihrer rechten Seite vom Ellinger Bach gespeist. Sie schwenkt dann nach Südwesten und wird beim Morsbacher Ortsteil Heide auf ihrer rechten Seite von Zielenbacher Bach gestärkt. Sie durchfließt die Morsbacher Ortsteile Bitze, Niederdorf, wechselt dann auf Südkurs und läuft östlich an die Morsbacher Ortsteile Rhein und Eugenienthal vorbei. Sie schlägt dann einen Bogen und zieht dabei an Ritterseifen und Volperhausen vorbei. Kurz danach wechselt sie wieder nach Rheinland-Pfalz hinüber.
Sie fließt nun nach Süden und wird dann beim Wissener Weiler Ellingshagen auf der linken Seite vom Lauberbach verstärkt.
Sie erreicht Wissen, wo ihr auf ihrer linken Seite der Brölbach zufließt und kurz darauf mündet sie schließlich auf einer Höhe von 149 m ü. NHN von rechts in die Sieg.
Der 25,9 km lange Lauf des Wisser Bachs endet ungefähr 196 Höhenmeter unterhalb seiner Quelle, er hat somit ein mittleres Sohlgefälle von etwa 7,6 ‰.
Einzugsgebiet
Das 130,0 km² große Einzugsgebiet des Wisserbachs liegt im Nördlichen Mittelsieg-Bergland und wird durch ihn über die Sieg und den Rhein zur Nordsee entwässert. Der Großteil des Wildenburger Landes liegt geographisch im Einzugsgebiet des Wisserbaches. Im Uhrzeigersinn grenzt das Einzugsgebiet des Wisserbachs am Einzugsgebiet von Bigge (nördlich), Asdorf (östlich), Lotterbach und Gotterbach (südöstlich), Holper Bach (westlich) sowie Agger (nordwestlich).
Zuflüsse
Wichtigster Nebenbach des Wisserbachs ist der linke Brölbach, der kurz vor der Mündung in die Sieg mit diesem zusammenfließt, knapp die Hälfte von dessen eigener Länge hat und etwa ein Viertel zu dessen Einzugsgebiet beiträgt.
↑Reihenfolge von der Quelle zur Mündung. Die Längenangaben nach dem Fachinformationssystem ELWAS des Ministeriums für Umwelt, Naturschutz und Verkehr NRW (Hinweise) (bei Gewässern ohne GKZ wurden die Längen durch Eigenmessung auf ELWAS ermittelt) oder dem GeoExplorer der Wasserwirtschaftsverwaltung Rheinland-Pfalz (Hinweise), die Größe des Einzugsgebiets und nach ELWAS oder dem GeoExplorer WW (auf zwei Nachkommastellen gerundet), die Werte des mittleren Abflusses (MQ) nach ELWAS und die Höhenangaben nach der Topografische Karte 1:25.000
↑Gewässerkennzahl, in Deutschland die amtliche Fließgewässerkennziffer mit zur besseren Lesbarkeit eingefügtem Trenner hinter dem Präfix, das einheitlich für den allen gemeinsamen VorfluterWisser Bach steht.