Von 1984 bis 1998 war Bönig Organist und Dirigent an der katholischen Stadtpfarrkirche St. Josef in Memmingen. Dort leitete er Aufführungen der großen Orchestermessen und stellte in Konzertzyklen sämtliche Orgelwerke von Johann Sebastian Bach, Max Reger und Olivier Messiaen dar. 1995 wurde ihm der Kulturpreis der Stadt Memmingen verliehen.
Seit 1998 ist Bönig Professor an der Hochschule für Musik und Tanz Köln, seit 2001 Domorganist am Kölner Dom. Neben der Lehrtätigkeit und den Aufgaben der Domliturgie konzertiert er an den Domorgeln sowie im In- und Ausland. Zu den bekanntesten und bestbesuchten Orgelkonzertreihen weltweit gehören die zwölf sommerlichen Orgelfeierstunden im Dom, von denen drei von Bönig selbst, die übrigen von Gastorganisten durchgeführt werden.
Unter Bönigs inzwischen zahlreichen CD-Einspielungen als Organist und Dirigent fanden diejenigen an den Kölner Domorgeln sowie eine eigene Orgelbearbeitung der Goldberg-Variationen besondere Beachtung.[1]
Schriften (Auswahl)
Die Kantaten von Johann Caspar Simon. Ein Beitrag zur Geschichte der evangelischen Kirchenmusik um 1740 (= Collectanea musicologica. Band4). Wißner, Augsburg 1993, ISBN 3-928898-16-7 (Zugleich: Augsburg, Universität, Dissertation, 1992).
