In seiner Berliner Zeit näherte er sich der Bekennenden Kirche und freundete sich mit Dietrich Bonhoeffer an. 1935 kehrte er, bedingt durch einen Skiunfall, nach Wattwil zurück. Von Wattwil aus entstand in den folgenden Jahren (1936 bis 1944) sein Hauptwerk, der Gemäldezyklus Die Passion für die Garnisonskirche in Köln-Marienburg. Der Schauplatz dieses Zyklus ist ins heimische Toggenburg verlegt und auch die Figuren sind zeitgenössisch. In dieser Zeit heiratete Fries 1939 und liess sich endgültig in Wattwil nieder.
Fries entwickelte sich in den Jahren nach dem Zweiten Weltkrieg zum vielbeschäftigten Künstler von Sakralkunst, der u. a. eine Weihnachtsgeschichte Christ ist geboren vor der Kulisse des zerbombten München schuf (1944 bis 1949), aber auch Glasfenster und Fresken für Kirchen sowohl in der Ostschweiz als auch in Berlin, Bonn und Seifhennersdorf. 1962 zeigte er die unter eigener Regie entstandene Verfilmung seiner Passion mit dem Titel Gib uns Frieden, die mit dem Anerkennungspreis der Interfilmtagung in Brüssel prämiert und von zahlreichen Fernsehstationen gesendet wurde.
Willy Fries war mit Dorothee, Tochter des Pfarrers Gottlob Wieser, verheiratet.
Auszeichnungen
1970: Rembrandtpreis der Johann Wolfgang Goethe-Stiftung in Salzburg