Zu Beginn des Vietnamkriegs war Peers assistierender stellvertretender Stabschef für Spezialunternehmen, ein Jahr später wurde er Sonderassistent für Aufstandsbekämpfung und Spezialunternehmen bei den Joint Chiefs of Staff. Im Januar 1967 übernahm er im Range eines Major Generals den Befehl über die 4. US-Infanteriedivision. Unter seiner Leitung schlugen die Amerikaner und verbündeten Südvietnamesen unter anderem die Schlacht bei Dak To Ende 1967. Im März 1968 erhielt er unter Beförderung zum Lieutenant General den Befehl über die I Field Force, Vietnam, einen Verband auf Korps-Ebene, der im zentralen Hochland stationiert war.
1969 wurde Peers zum Leiter der Kommission ernannt, die von General Creighton W. Abrams zur Untersuchung des Massakers von My Lai eingesetzt wurde und veröffentlichte 1970 einen umfassenden Bericht.
Er starb im Alter von 69 Jahren in einem Armeekrankenhaus an den Folgen eines Herzinfarkts.