Bis 1939 war Pluta als Lehrer in Bielitz tätig. Nach dem Einmarsch der deutschen Wehrmacht wurde er Pfarrer in Königshütte und nach weiteren Zwischenstationen im Jahr 1946 Pfarrer in Koschentin. Schon 1948 wurde er nach Lublinitz versetzt. Während der Zeit in Koschentin wurde Pluta an der Jagiellonen-Universität zum Dr. theol.promoviert. 1951 wechselte Wilhelm Pluta erneut den Ort und wurde Pfarrer in Kattowitz-Zalenze.
Nach der kirchlichen Neuordnung der bisher deutschen Gebiete wurde Wilhelm Pluta am 28. Juni 1972 von Papst Paul VI. zum ersten Bischof des neugegründeten Bistums Landsberg an der Warthe ernannt.
Pluta starb während einer Fahrt nach Guben bei einem Autounfall und wurde in der Kathedrale von Landsberg beigesetzt.
Das Bistum Grünberg-Landsberg an der Warthe hat das Seligsprechungsverfahren für Wilhelm Pluta eingeleitet.