Seinen Hang zur Oper hatte Wilhelm Brückner-Rüggeberg von seinem Vater, dem Hofschauspieler und Regisseur Max Brückner-Rüggeberg geerbt. Er stand schon als Kind als Knabe im Wilhelm Tell auf der Bühne und bedingt durch das Wanderleben der Theaterfamilie wechselte er nicht weniger als dreizehnmal die Schulen.
Brückner-Rüggeberg begann seine Laufbahn 1929 in München als Assistent von Hans Knappertsbusch. Weitere Stationen waren Essen 1929/30, Oberhausen 1930/31, Dortmund 1931–33, Gera/ Rudolstadt 1933/34 als 1. Kapellmeister, wo er fast ausschließlich Oper dirigierte. Als künstlerischer Leiter der Opernspiele im BergwaldtheaterWeißenburg wirkte er 1934 bis 1939 unter dem IntendantenEgon Schmid, der auch in Rudolstadt tätig war. Über mehrere Stationen kam er 1934 als Nachfolger von Herbert von Karajan als Erster Kapellmeister ans Theater Ulm nach Ulm und schließlich 1938 nach Hamburg, wo er bis zu seinem Tod im Jahr 1985 den Hamburger Lehrergesangsverein, heute Symphonischer Chor Hamburg, leitete und von 1943 an als Dozent, von 1960 an als Professor an der Hochschule für Musik und Theater Hamburg lehrte. In Hamburg hat er bis 1971 weit über 2000 Aufführungen dirigiert. In über 700 Gesprächskonzerten für Hamburger Schulen, die sogenannten Hamburger Schülerkonzerte, integriert in den schulischen Musikunterricht, setzte er sich mit den Hamburger Philharmonikern für das Verständnis für Musik ein und erläuterte und dirigierte Klassik.
1959–1962 Händel – Belsazar in eigener Fassung für die Hamburgische Staatsoper bearbeitet und auch in Berlin unter der Regie von Joachim Herz dirigiert. In Berlin dirigierte er u. a. Carmen, Tosca, Barbier v. Sevilla, Iphigenie auf Tauris.
1965 Buenos AiresTeatro Colón: Händel – Israel in Ägypten, Sinfoniekonzerte mit der Asociacion Wagneriana
Regelmäßig dirigierte er im NDR Produktionen. Über 90 Aufnahmen finden sich im Archiv des NDR, darunter die Gesamtaufnahme des Freischütz, aber auch viele symphonische Werke und Raritäten.