Wilhelm hatte die Markgrafschaft erhalten, um sie der katholischen Partei zu sichern und bei der Verkündung des Urteils des Reichshofrates versprach er dem Apostolischen NuntiusCarafa, die Markgrafschaft Baden-Baden wieder zur katholischen Kirche zurückzuführen. Bereits auf Ende des Jahres 1622 wurden alle protestantischen Pfarrer entlassen und des Landes verwiesen. Da nicht rasch genügend katholische Pfarrer zur Verfügung standen, nahm Wilhelm Vakanzen in Kauf und viele Gemeinden wurden eine Weile nur durch Wanderpriester betreut. Wilhelm holte die Jesuiten und Kapuziner ins Land, mit deren Hilfe er eine schnelle und kompromisslose Gegenreformation betrieb. So wurden alle Bewohner, die nicht zum katholischen Glauben konvertieren wollten, mit der Landesverweisung bedroht. Mit seiner Kirchen- und Polizeiordnung vom 25. Oktober 1625 griff er rigoros in das Privatleben seiner Untertanen ein. Ende des 17. Jahrhunderts war die Markgrafschaft Baden-Baden daher einer der wenigen weltlichen Reichsstände, in denen ausschließlich die katholische Kirche akzeptiert wurde.[1]
Während der Regentschaft von Wilhelm, mitten im Dreißigjährigen Krieg, kam es zu den schlimmsten Hexenverfolgungen in Baden. Zwischen 1626 und 1631 wurden 244 Personen, davon der überwiegende Teil Frauen, aus den Ämtern Kuppenheim/Rastatt, Baden-Baden, Steinbach und Bühl der Hexerei angeklagt, von ihnen wurden 231 verurteilt und hingerichtet.[2][3]
1631 verlor Wilhelm die Regentschaft erneut, diesmal an den schwedischen General Gustaf Graf Horn, und erhielt sie erst durch den Prager Frieden am 30. Mai 1635 zurück. Im Westfälischen Frieden am 24. Oktober 1648 in Münster wurde seine Herrschaft in Baden-Baden endgültig bestätigt.
Hans-Joachim Köhler: Obrigkeitliche Konfessionsänderung in Kondominaten. Eine Fallstudie über ihre Bedingungen und Methoden am Beispiel der baden-badischen Religionspolitik unter der Regierung Markgraf Wilhelms (1622–1677). Aschendorff, Münster 1975, ISBN 3-402-03717-3.
Johann Christian Sachs: Einleitung in die Geschichte der Marggravschaft und des marggrävlichen altfürstlichen Hauses Baden. Dritter Theil. Lotter, Carlsruhe 1769, S.315–412 (eingeschränkte Vorschau in der Google-Buchsuche).
Wolfgang Reiß: Die Hexenprozesse in der Stadt Baden-Baden. In: Freiburger Diözesan-Archiv, 91. Band = 3. Folge, 23 Band, 1971, S. 202–266 Digitalisat der UB Freiburg
Ernst Hermann: Die Hexen von Baden-Baden: nach den Original-Akten des allgemeinen großherzogl. Landes-Archivs in Karlsruhe. Karlsruhe, 1890 Digitalisat der bayerischen Staatsbibliothek
Karl Friedrich Lederle: Zur Geschichte der Reformation und Gegenreformation in der Markgrafschaft Baden-Baden. In: Freiburger Diözesan-Archiv, 47. Band, 1919, S. 1–45, hier insbesondere S. 33–43 Digitalisat der UB Freiburg
Corinna Schneider: Hexenverfolgungen Baden, Markgrafschaften. Die zweite Verfolgungswelle unter Markgraf Wilhelm 1625-1631. Corinna Schneider: Baden - Hexenverfolgungen. Aus: Lexikon zur Geschichte der Hexenverfolgung, hrsg. von Gudrun Gersmann, Katrin Moeller, Jürgen-Michael Schmidt, In: historicum.net; abgerufen am 28. Oktober 2016