Die WBG ist Gesellschafterin bei der BTE (10 % Anteile), der VGH (25,1 % Anteile) und der Jade-Weser-Bahn (10 % Anteile). Anfang Februar 2009 hat die WeserBahn zusammen mit der Eisenbahnen und Verkehrsbetriebe Elbe-Weser GmbH (EVB) die Jade-Weser-Bahn GmbH gegründet, die das Güterverkehrsgeschäft übernimmt. Dabei sollen der Seehafenhinterlandverkehr zu den Nordseehäfen sowie der regionale Schienengüterverkehr intensiviert werden.[1]
Die Weserbahn hat derzeit eine Lokomotive im Bestand: Die Lok mit der Nummer 1001 ist eine von der Bremen-Thedinghauser Eisenbahn angemietete LEW V 100.4.[2]
