Beruflich war Werner Huber als Gemeindebeamter in seiner Heimatgemeinde Götzis tätig, wobei er die Gemeindeverwaltung in fast allen Abteilungen durchlief. Zuletzt war er dabei vor der Wahl zum Bürgermeister als Oberamtsrat im Standesamt beschäftigt. Bei der Gemeindevertretungswahl 1990 wurde Werner Huber für die ÖVP Götzis zum Bürgermeister der Marktgemeinde gewählt, ab 1995 war er zudem Mitglied der Götzner Gemeindevertretung. Als Bürgermeister wurde Huber aufgrund seiner Pensionierung im September 2014 von seinem Nachfolger und Parteikollegen Christian Loacker abgelöst.[1]
In den Vorarlberger Landtag rückte Werner Huber erstmals am 31. Jänner 2007 für Markus Wallner als Landtagsabgeordneter nach. Bei den Landtagswahlen 2009 und 2014 wurde er dann jeweils als Landtagsabgeordneter wiedergewählt. Im Landtag der 30. Legislaturperiode war Werner Huber Bereichssprecher des ÖVP-Landtagsklubs für Raumplanung/Baurecht und Senioren. Am 11. März 2016 trat Huber die Nachfolge von Gottfried Feurstein als Obmann des Vorarlberger Seniorenbunds, einer Teilorganisation der ÖVP, an.[2] Seit 2016 ist Werner Huber auch Vorsitzender des Vorarlberger Seniorenbeirats.
Nach der Landtagswahl 2019 schied er aus dem Landtag aus.[3] Am 26. Jänner 2020 wurde Werner Huber von seiner Heimatgemeinde Götzis der Ehrenring verliehen.[4]
