Die Weltcupsaison 1999/2000 der Nordischen Kombination begann am 9. Dezember 1999 im finnischen Vuokatti und endete am 17. März 2000 im italienischen Santa Caterina. Mit ihren ursprünglich geplanten 21 Weltcuprennen war die Saison die bisher Längste seit Bestehen der Weltcupserie in der Nordischen Kombination.
Die Gesamtwertung konnte zum zweiten Mal nach der Saison 1996/97 der Finne Samppa Lajunen für sich entscheiden. Mit acht Weltcuperfolgen konnte er den Norweger Bjarte Engen Vik, der fünf Siege feiern konnte, deutlich auf den zweiten Platz verweisen. Dritter wurde der Tscheche Ladislav Rygl, für den jedoch sein Erfolg im heimischen Liberec der Letzte seiner Karriere bleiben sollte.