Vom 29. September 1913 bis 28. Februar 1914 war Isendahl zum Admiralstab der Marine kommandiert und wurde hier als Abteilungsleiter eingesetzt. Am 1. März 1914 wurde Isendahl als Nachfolger von Kapitän zur SeeArthur Tapken (1864–1945) Vorstand des Nachrichtenabteilung des Admiralstabs. Über deren Struktur und Tätigkeit im Ersten Weltkrieg ist kaum etwas bekannt. Am 17. Oktober 1915 wurde Isendahl zum Kapitän zur See befördert. Im Frühjahr 1916 war er in das Libau-Unternehmen involviert; eine nachrichtendienstliche Operation zur Unterstützung des Osteraufstands in Irland unter Beteiligung von Sir Roger Casement.
Vom 20. Februar bis zum 24. April 1918 war Isendahl zugleich dem Finnland-Unternehmen zugeteilt. Mit dem Ausscheiden aus dem Unternehmen endete auch seine Tätigkeit im Nachrichtendienst. Die Gründe sind nicht bekannt; sein Nachfolger wurde Kapitän zur See Paul Ebert (1873–1939). Vom 28. April bis zum 14. September 1918 war Isendahl Mitglied der Nautisch-Technischen Kommission, zugleich vom 2. Mai bis zum 14. September Hafenkommandant von Sewastopol. Vom 25. September bis zum 21. November 1918 war Isendahl Kommandant des ehemals russischen Großkampfschiffs Wolja.
Ab dem 1. Oktober 1919 war Isendahl, obwohl weiterhin formal der Marine angehörend, für das Reichsministerium des Innern tätig, wo er offensichtlich mit dem Aufbau des Reichswasserschutzes (R.W.S.) betraut war. Am 1. Februar 1920 übernahm er auch formal dessen Leitung. Am 7. April 1920 wurde Isendahl aus der Vorläufigen Reichsmarine mit dem Charakter eines Konteradmirals verabschiedet. Auf eigenen Wunsch schied er am 30. April 1922 aus dem Reichsdienst aus. Über weitere Tätigkeiten bis 1941 ist nichts bekannt.
Zweiter Weltkrieg und Tod
Am 26. Juli 1941, also rund vier Wochen nach dem Beginn des Unternehmens Barbarossa, wurde Isendahl Beauftragter des Oberbefehlshabers der Kriegsmarine für Sonderaufgaben in Südrussland zur „Sicherung und Bearbeitung von russischem Schriftmaterial auf dem Marinegebiet in russischen Dienststellen und Werften“ (Hildebrand/Henriot, S. 164). Ob er für diese Tätigkeit formal reaktiviert wurde, ist unbekannt. Soweit bekannt, trug er während dieser Tätigkeit keinen Dienstgrad. Seine Tätigkeit endete am 31. Januar 1943; Isendahl war zu diesem Zeitpunkt 70 Jahre alt.
Nach Hildebrand/Henriot kam Isendahl bei Kriegsende 1945 in Berlin unter ungeklärten Umständen ums Leben. Amtlich festgesetzter Todestag ist der 30. April 1945. Wann und durch wen diese Feststellung erfolgte, ist bislang (Stand 2019) unbekannt.
Thomas Boghardt: Spies of the Kaiser. German Covert Operations in Great Britain during the First World War Era, Houndmills/New York (Palgrave Macmillian) 2004. ISBN 1-4039-3248-4
Eintrag Linienschiff Wolja in: Hans H. Hildebrand/Albert Röhr/Hans-Otto Steinmetz: Die deutschen Kriegsschiffe. Biographien – ein Spiegel der Marinegeschichte von 1815 bis zur Gegenwart, Ratingen (Mundus Verlag GmbH) o. J. (Einbändiger Nachdruck der siebenbändigen Originalausgabe, Herford 1979ff.) Band 6, S. 63f.
Hans H. Hildebrand/Ernest Henriot: Deutschlands Admirale 1849-1945. Die militärischen Werdegänge der See-, Ingenieurs-, Sanitäts-, Waffen- und Verwaltungsoffiziere im Admiralsrang, Band 2: H-O, Osnabrück (Biblio) 1989, S. 163ff. ISBN 3-7648-14993