Villarejo de la Peñuela liegt auf der Westseite des Iberischen Gebirges in einer Höhe von ca. 945 m. Die Provinzhauptstadt Cuenca befindet sich gut 18 km (Fahrtstrecke) östlich. Das Klima im Winter ist gemäßigt, im Sommer dagegen warm bis heiß; der Regen (580 mm/Jahr) fallen – mit Ausnahme der nahezu regenlosen Sommermonate – verteilt übers ganze Jahr.[2]
Aufgrund der Mechanisierung der Landwirtschaft, der Aufgabe bäuerlicher Kleinbetriebe und des daraus resultierenden Verlusts von Arbeitsplätzen auf dem Lande ist die Einwohnerzahl der Gemeinde seit der Mitte des 20. Jahrhunderts stark rückläufig (Landflucht).