Ihr zweites Standbein neben dem Barock stellt das Repertoire von Mozart dar, das sie unter Jean-Claude Malgoire erstmals erarbeitete. 1994 spielte sie die Rolle der Gräfin Almaviva (Le nozze di Figaro) an der Oper in Lyon mit herausragendem Erfolg. In derselben Saison sang sie auch Mozarts Requiem. Im Sommer 1998/1999 fand ihre Interpretation der Donna Elvira (Don Giovanni) unter Claudio Abbado große Anerkennung. Die Inszenierung von Peter Brook war zunächst beim Festival von Aix-en-Provence, später auch in Schweden, Belgien, Italien und Japan zu sehen. Mehrfach wurde sie als Vitellia (La clemenza di Tito) und Pamina (Die Zauberflöte) engagiert. Zwischen 2006 und 2011 führte sie unter der Leitung von Christophe Rousset tragische französische Arien auf, die unter dem Titel Tragédiennes français auf drei CD eingespielt wurden.[2]
Véronique Gens erhielt zahlreiche Auszeichnungen. 2002 wurde die Sopranistin für einen Victoire de la Musique als Beste Sängerin des Jahres nominiert.