Die Universität steht unter Verwaltung der Sodalicio de Vida Cristiana (SCV), einer Kongregation päpstlichen Rechtes. Die Universidad Católica San Pablo erhielt am 10. Januar 1997 die vorläufige Genehmigung für ihre Tätigkeit. Am 15. November 1999 erhielt die Universität San Pablo die Anerkennung als Katholische Universität mit Universidad Católica San Pablo. 2018 erfolgte eine organisatorische Neuausrichtung mit folgenden Fachbereichen:
