1952 beendete der Friedensvertrag von San Francisco die US-geführte Besatzungszeit in Japan nach dem Zweiten Weltkrieg. Gleichzeitig trat der erste Sicherheitsvertrag zwischen den USA und Japan in Kraft, dessen Neuauflage von 1960 bis heute die rechtliche Grundlage für die Stationierung von US-Soldaten auf der Inselgruppe bildet. Insbesondere seit den 1990er Jahren steht die US-Präsenz in der scharfen Kritik weiter Teile der japanischen Bevölkerung. Die Soldaten werden für Übergriffe und Gewalttaten gegen die Bevölkerung sowie für Unfälle und Umweltverschmutzung verantwortlich gemacht. 1996 vereinbarten die USA und Japan, dass ein Fünftel der Fläche auf Okinawa Hontō unter der Kontrolle des US-Militärs an Japan zurückgegeben werden sollte. Vor allem soll der Flughafen Marine Corps Air Station Futenma bis 2014 geräumt und durch einen Flughafen im dünn besiedelten Norden der Insel ersetzt werden. Einige Nebenanlagen der Kadena Air Base, der größten US-Einrichtung in Japan, sollen geschlossen werden. Insgesamt soll die Vernetzung der japanischen und der US-Streitkräfte verstärkt werden. Dazu soll ein neues gemeinsames Luftabwehrzentrum dienen, das Japan in der Yokota Air Base errichten will.
Ebenfalls bis 2014 sollen 8000 Marines nach Guam verlegt werden.
Nach nordkoreanischen Versuchen mit Langstreckenraketen vereinbarten die USA und Japan 2006 die Aufstellung zusätzlicher Raketenabwehrsysteme des Typs Patriot PAC-3, zu deren Bedienung rund 600 zusätzliche US-Soldaten nach Japan verlegt werden sollen.
Laut Artikel V des „Vertrags über gegenseitige Kooperation und Sicherheit zwischen Japan und den Vereinigten Staaten von Amerika“ ist Japan dazu verpflichtet, sein Territorium zu Lande sowie eine Zwölf-Meilen-Zone zu Wasser (maritim) zu verteidigen. Die darüber hinausgehenden Gewässer werden von den Vereinigten Staaten verteidigt. Diese dürfen zur Verteidigung Japans laut Artikel VI japanischen Boden betreten und zur Erfüllung ihrer Aufgaben jede japanische militärische Einrichtung in Anspruch nehmen.
Personalkörper
Die Mannstärke beziffert sich auf rund 38.000 Soldaten und 5000 amerikanischen sowie 25.000 japanische Zivilangestellte.[4]
Der Kommandeur der US Forces Japan ist seit 1957 gleichzeitig der Oberbefehlshaber der 5. Luftflotte. Die entsprechende Kommandeursliste ist in dem Artikel über diese Luftflotte einsehbar.