Bongertmann veröffentlichte unterrichtspraktische und geschichtsdidaktische Beiträge vorwiegend zur deutschen Nachkriegsgeschichte. Darin sprach er sich im Anschluss an Christoph Kleßmann für eine integrative deutsch-deutsche Parallelgeschichte im Unterricht aus. Bongertmann ist Schulbuchautor für Geschichtsbücher (Epochen und Strukturen, Das waren Zeiten) und Redakteur der Zeitschrift geschichte für heute. Mehrfach wies er in den Jahren 2017 und 2018 falsche Behauptungen von AfD-Politikern zurück, dem Holocaust komme ein unangemessen großer Anteil am aktuellen Geschichtsunterricht zu.
DDR: Mythos und Wirklichkeit: wie die SED-Diktatur den Alltag der DDR-Bürger bestimmte. Didaktische Begleitung zur gleichnamigen Ausstellung / Ulrich Bongertmann, Konrad-Adenauer-Stiftung, St. Augustin 2011, ISBN 978-3-942775-12-0.
Hrsg.: 100 Jahre Verband der Geschichtslehrer Deutschlands. Beiträge zum Jubiläum in Marburg (Lahn) am 28. September 2013. Verlag Nicole Schmenk, Oberhausen 2014, ISBN 978-3-943022-26-1.
Lebensläufe „verdorbener Greise“? Ein WebQuest zu Biografien der SED-Nomenklatura. In: Praxis Geschichte. 2-2015, S. 12–17.
Mitautor: Leitfaden Referendariat im Fach Geschichte. Wochenschau, Schwalbach 2017, ISBN 978-3-7344-0445-0.
Sich vor Illusionen hüten und den Unterricht für Neues öffnen. In: Christian Kuchler, Andreas Sommer (Hg.): Wirksamer Geschichtsunterricht. Schneider Hohengehren 2018, S. 46–54, ISBN 978-3-8340-1905-9.
(Mithrsg.): Deutschland und Frankreich – Geschichtsunterricht für Europa / France – Allemagne. L’enseignement de l’histoire pour l’Europe Die deutsch-französischen Schulbuchgespräche / Les rencontres franco-allemandes sur les manuels scolaires dans le contexte européen. Wochenschau, Frankfurt am Main 2018, ISBN 978-3-7344-0598-3.
Verschrobenes und Gefährliches aus der „Reichsbürgerbewegung“. In: geschichte für heute. 2-2018, S. 48–53.
„Unsere“ Geschichte. Geschichtsunterricht im Integrationsland Deutschland. In: Die Politische Meinung. 551 (2018), online.
Alltag in der DDR. Geschichtsunterricht praktisch, Wochenschau, Frankfurt am Main 2021, ISBN 978-3-7344-1095-6.
Kants Schrift „Zum Ewigen Frieden“ im historisch-politischen Unterricht. In: Geschichte für heute, 3-2024, S. 17–34.
Interview mit news4teachers am 5. Juni 2018: Gauland und der “Vogelschiss”: Betreiben die Schulen einen “Schuldkult” um den Holocaust? Geschichtslehrer widersprechen[1]