Der UEFA-Pokal 2006/07 war die 36. Austragung des Wettbewerbs und wurde von FC Sevilla durch einen Erfolg im Elfmeterschießen gegen Espanyol Barcelona im ersten rein spanischen Finale im Hampden Park in Glasgow gewonnen. Sevilla konnte damit seinen Titel aus dem Vorjahr verteidigen und war damit nach Real Madrid 1985 und 1986 der zweite Verein, dem dies gelang.
Zur Teilnahme berechtigt waren alle Vereine, die in zu Ende vergangenen Saison einen der durch die UEFA-Fünfjahreswertung geregelten UEFA-Cup-Plätze belegt hatten. Bei Torgleichstand entschied zunächst die Anzahl der Auswärts erzielten Tore, danach eine Verlängerung, wurde in dieser nach zweimal 15 Minuten keine Entscheidung erreicht, folgte ein Elfmeterschießen, bis der Sieger ermittelt war. Neu war ab dieser Saison, dass sich elf statt bisher drei Klubs über den UEFA Intertoto Cup für die 2. Qualifikationsrunde statt wie bisher für die 1. Runde qualifizierten. Im Sechzehntelfinale stießen dann wie gehabt noch die acht Gruppendritten der Champions-League-Gruppenphase zum Teilnehmerfeld.
Die Hinspiele fanden am 13. Juli, die Rückspiele am 27. Juli 2006 statt.
Kayserispor, AJ Auxerre, NK Maribor, Ethnikos Achnas, der Grasshopper Club Zürich, Olympique Marseille, die SV Ried, Hertha BSC, Odense BK, Newcastle United und der FC Twente Enschede qualifizierten sich über den UEFA Intertoto Cup 2006 für die 2. Qualifikationsrunde.
Die Hinspiele fanden am 10. August, die Rückspiele am 24. August 2006 statt.
Die Hinspiele fanden am 14. September, die Rückspiele am 28. September 2006 statt.
Bei Punktegleichheit zweier oder mehrerer Mannschaften wurde nach folgenden Kriterien entschieden:
Werder Bremen, Spartak Moskau, Girondins Bordeaux, Schachtar Donezk, Steaua Bukarest, Benfica Lissabon, ZSKA Moskau und AEK Athen qualifizierten sich als Gruppendritte der Gruppenphase der UEFA Champions League 2006/07 für das Sechzehntelfinale.
Die Hinspiele fanden am 14./15. Februar, die Rückspiele am 22. Februar 2007 statt.
Die Hinspiele fanden am 8. März, die Rückspiele am 14./15. März 2007 statt.
Die Hinspiele fanden am 5. April, die Rückspiele am 12. April 2007 statt.
Die Hinspiele fanden am 26. April, die Rückspiele am 3. Mai 2007 statt.
ohne Qualifikation
Dazu vier Spieler mit je fünf Toren, 19 Spieler mit je vier Toren, 25 Spieler mit je drei Toren, 54 Spieler mit je zwei Toren und 217 Spieler mit je einem Tor.
* Jesuli (3/–) hat den Verein während der Saison verlassen.
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