Zur Teilnahme berechtigt waren alle Vereine, die in zu Ende vergangenen Saison einen der durch die UEFA-Fünfjahreswertung geregelten UEFA-Cup-Plätze belegt hatten. Wie im Vorjahr qualifizierten sich wieder drei Klubs über den UEFA Intertoto Cup für die 1. Runde. Der Wettbewerb wurde in sechs Runden in Hin- und Rückspielen ausgetragen. Bei Torgleichstand entschied zunächst die Anzahl der Auswärts erzielten Tore, danach eine Verlängerung, wurde in dieser nach zweimal 15 Minuten keine Entscheidung erreicht, folgte ein Elfmeterschießen, bis der Sieger ermittelt war. Zur 3. Runde stießen zudem die acht aus der ersten Gruppenphase der Champions League als Drittplatzierte ausgeschiedenen Vereine zum Teilnehmerfeld.
Das Rückspiel endete mit 3:5 für Celta Vigo. Das Spiel wurde aber 0:3 für Celta Vigo gewertet, da Roter Stern Belgrad 2 suspendierte Spieler einsetzte.