Ab dieser Saison qualifizierten sich drei Klubs über den UEFA Intertoto Cup für die 1. Runde des UEFA-Pokals. Nach Vorrunde und Qualifikation wurde in sechs Runden in Hin- und Rückspielen gespielt. Bei Torgleichstand entschied zunächst die Anzahl der auswärts erzielten Tore, danach eine Verlängerung, wurde in dieser nach zweimal 15 Minuten keine Entscheidung erreicht, folgte ein Elfmeterschießen, bis der Sieger ermittelt war.
Zum letzten Mal in seiner Geschichte fanden zwei UEFA-Pokal-Endspiele (Hin- und Rückspiel) statt.
Mit einer konzentrierten Leistung kontrollierte der FC Schalke in der ersten Halbzeit die Partie, verpasste es aber durch Wilmots (5.), Anderbrügge (27.) sowie Němec (28.) in Führung zu gehen. Die einzige gefährliche Chance der Mailänder vereitelte Jens Lehmann kurz vor der Halbzeit.
In der zweiten Halbzeit verflachte das Spiel etwas. Die Schalker gingen durch einen 25-Meter-Schuss von Wilmots in der 70. Minute in Führung. Mailand war nun sichtlich bemühter, das wichtige Auswärtstor zu erzielen, scheiterte jedoch immer wieder an Schalkes Schlussmann Jens Lehmann.
Schalke hatte die Mailänder in den ersten 30 Minuten klar im Griff, erst dann schienen die Hausherren aufzuwachen und Schalke kam zunehmend in Bedrängnis, hielt aber zunächst stand. Fünf Minuten vor Spielende gelang es dem Mailänder Ivan Zamorano, den 1:0-Hinspielsieg der Gelsenkirchener zu egalisieren und die Italiener in die Verlängerung zu retten.
Trotz der zahlenmäßigen Überlegenheit, resultierend aus dem Platzverweis von Fresi in der 90. Minute, hatten die Schalker in der Folgezeit Glück, als Ganz nur die Latte traf (109.). Im alles entscheidenden Elfmeterschießen scheiterte zunächst Zamorano an Lehmann, später schoss Aron Winter am rechten Torpfosten vorbei, während alle Schalker ihre Elfmeter verwandelten und den größten Erfolg in der Vereinsgeschichte errangen.
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