Im Juli 2000 wurde Johnstone-Burt als Kapitän zur See(Captain) Kommandeur des 6. Fregattengeschwaders (Commanding, 6th Frigate Squadron) und verblieb auf diesem Posten bis Dezember 2001.[1] Zugleich war er in Personalunion von Juli 2000 bis Dezember 2001 auch Kommandant der zur Duke-Klasse gehörenden Fregatte HMS Montrose.[2] Danach wurde er als Kommodore(Commodore) Nachfolger von Commodore Mark William Graham Kerr im Januar 2002 Kommandant des Britannia Royal Naval College (BRNC) und verblieb in dieser Position bis Mai 2004, woraufhin Commodore Richard Ibbotson ihn ablöste.[3] Daraufhin fungierte er zwischen Juli 2004 und Dezember 2011 als Kommandant des Amphibischen AngriffsschiffsOcean.[4] Im Dezember 2005 wurde er als Kommodore stellvertretender Kommandeur des am 5. Oktober 1999 gegründeten Gemeinsamen Hubschrauberkommandos JHC (Joint Helicopter Command) der Streitkräfte des Vereinigten Königreichs und verblieb auf diesem Posten bis Dezember 2006.[5]
Tony Johnstone-Burt löste als Konteradmiral(Rear-Admiral) im Dezember 2006 Konteradmiral Philip Wilcocks als Kommandeur der Marineverbände in Schottland und Nordirland(Flag Officer, Scotland and Northern Ireland) und hatte dieses Kommando bis zu seiner Ablösung durch Konteradmiral Philip Jones im Februar 2008 inne.[6] Daraufhin übernahm er im März 2008 als Nachfolger von Generalmajor Gary Coward den Posten als Kommandeur des Gemeinsamen Hubschrauberkommandos JHC (Joint Helicopter Command) und verblieb auf diesem Posten bis zu seiner Ablösung durch Air Vice-Marshal Carl Dixon im März 2011.[5] Zuletzt wurde er im November 2011 als Vizeadmiral(Vice-Admiral)Chef des Stabes des Alliierten Transformationskommandos der NATO(Allied Command Transformation) in Norfolk und bekleidete diese Funktion bis zu seinem Ausscheiden aus dem aktiven Militärdienst im Oktober 2013.[7] Am 1. Januar 2013 wurde er im Zuge der New Year HonoursCompanion des Order of the Bath (CB).
Nach seinem Eintritt in den Ruhestand wurde Johnstone-Burt Nachfolger von Air Marshal Sir David Allan Walker als Master of the Household- Damit ist er der operative Leiter der nachgeordneten Bereiche der Königlichen Haushalte (Royal Households of the United Kingdom) und trägt die Verantwortung für das Hauspersonal, die königlichen Küchen, die Pagen und Diener bis hin zu den Hausverwaltern und ihrem Personal. Für seine langjährigen Verdienste wurde er bei den New Year Honours am 1. Januar 2020 zum Knight Commander des Royal Victorian Order (KCVO) geschlagen und trägt seit den Namenszusatz „Sir“. Er wurde 2004 Mitglied des Verwaltungsrates der Monkton Combe School und ist zudem Deputy Lieutenant (DL) der GrafschaftDorset.
