Nach der Wiedervereinigung arbeitet Madl von 1990 bis 1994 und von 1995 bis 2002 als hauptamtlicher Bürgermeister von Löbejün. Nach 2002 war er ehrenamtlicher Bürgermeister.
Madl trat 1990 in die CDU ein. Von 1992 bis 1999 war er Beisitzer im CDU-Kreisvorstand Saalkreis und ab 1998 Mitglied im CDU-Landesvorstand. Von 1999 bis 2006 hatte er den Vorsitz im CDU-Kreisvorstand Saalkreis und ab 1999 den CDU-Fraktionsvorsitz im Kreistag Saalkreis inne.
Den Vorsitz des Innenausschusses des Landtages legte Madl im Zuge einer Gehaltsaffäre (Doppelbeschäftigung einer Mitarbeiterin) am 19. Mai 2009 nieder.[1] Am 2. Juni 2009 trat Thomas Madl aus der CDU-Fraktion des Landtages aus, nachdem innerhalb der Fraktion sein Ausschluss beantragt worden war.[2][3] Am 13. November 2009 wurde Madl durch Beschluss des Landtages mit 55 von 82 Stimmen aus der Parlamentarischen Kontrollkommission abgewählt.[4] Am 25. August 2010 wurde er durch das Bundesparteigericht der CDU aus der Partei ausgeschlossen, nachdem das Landesparteigericht nur eine Rüge gegen ihn ausgesprochen hatte.[5] Im Juni 2011 einigten sich Madl und der Landtag in einem verwaltungsgerichtlich vorgeschlagenem Vergleich auf eine Rückzahlung in Höhe von 86.000 Euro an Landeszuschüssen infolge der Doppelbeschäftigung einer Mitarbeiterin. Ein Strafverfahren gegen Madl war aufgrund der „unklaren Rechtslage“ eingestellt worden.[6]
