Theodor Zwinger stammte aus einer bedeutenden Basler Gelehrtenfamilie. Sein Vater war der Basler Theologieprofessor Johannes Zwinger. Er studierte ab 1675 in Basel und erwarb dort 1680 mit der DissertationDe paedotrophia die Doktorwürde als Dr. med.
Anschliessend verbrachte er zwei Jahre in Frankreich, so unter anderem in Paris und Strassburg. Nach seiner Rückkehr durchlief er eine Karriere als Hochschullehrer an der Universität Basel. Zunächst übernahm er 1684 die Professur der Rhetorik, drei Jahre später den Lehrstuhl der Physik, 1703 den der Anatomie und Botanik, 1711 den Lehrstuhl der theoretischen und praktischen Medizin. Er wirkte als Stadtarzt, war mehrmals Dekan und 1711/1712 Rektor.
als Hrsg.: De Chrysopoeia Variae Literatorum Epistolae. In: Appendix ad Annum V.&VI. Decuriae III. Ephemeridum medico-physicarum Academiae Caesareo-Leopoldinae naturae curiosorum in Germania. Ch. S. Froberg, Nürnberg 1700, S. 16–41.
Epitome totius medicinae. London 1701, sowie Basel 1706.
Louis-Gabriel Michaud: Zwinger (Théodore), dit le Jeune, in: Biographie universelle ancienne et moderne, t. 45, 1843–1865, 2. Auflage, S. 648.
Heinrich Buess, Marie-Louise Portmann, Peter Molling: Theodor Zwinger III (1658–1724): Ein Basler Arzt und Kinderarzt der Barockzeit. Helbling & Lichtenhahn, Basel 1962, ISBN 978-3-7965-1640-5.[5]
Beat Friolet: Theodor Zwinger (1658–1724) – Basler Professor, Schöpfer des Begriffs «Pädiatrie» und Konsiliararzt in Delémont. In: Schweizerische Ärztezeitung, 2001;82: Nr. 5 (online).
Marie-Louise Portmann (Hrsg.): Die Korrespondenz von Th. Zwinger III. mit J. J. Scheuchzer 1700–1724. Basel/Stuttgart 1964.
Marie-Louise Portmann: Der Basler Arzt Theodor Zwinger III (1658–1724) und seine Arbeit über ein langes Leben. In: Gesnerus. Band 42, 1985, S. 353–358.