Zongo studierte Wirtschaftswissenschaften in Dakar (Senegal) und Nantes (Frankreich). Zwischen 1995 und 2000 besetzte er verschiedene Ministerposten, darunter denjenigen des Finanzministers. Mehrere Jahre lang war er Burkina Fasos Repräsentant bei der Weltbank und dem Internationalen Währungsfonds sowie Generalsekretär der burkinischen Industrie- und Handelskammer. 2002 trat er in den diplomatischen Dienst ein. Zuletzt vor seiner Ernennung zum Premierminister amtete er als Botschafter Burkina Fasos in den USA.