Als Jugendlicher war er erst als Schwimmer aktiv und im Alter von 15 Jahren begann Stuart Hayes mit Triathlon.
1998 und erneut 1999 wurde er Vierter bei der Junioren-Weltmeisterschaft Triathlon. 2002 wurde er Dritter der U23-Klasse bei der Duathlon-Weltmeisterschaft.
Der als starker Schwimmer bekannte Hayes geht für das Team Dillon an den Start – vorwiegend bei Rennen auf der Olympischen Distanz (1,5 km Schwimmen, 40 km Radfahren und 10 km Laufen). 2012 startete der damals 33-Jährige bei den Olympischen Sommerspielen in London, wo er den 37. Rang belegte.[1]
In der Saison 2016 wechselte Stuart Hayes auf die längere Distanz und im März ging Hayes erstmals auf der Triathlon-Mitteldistanz (1,9 km Schwimmen, 90 km Radfahren und 21,1 km Laufen) an den Start. Im September wurde er Zweiter beim Ironman 70.3 Weymouth und im Oktober Zweiter bei der Erstaustragung eines Ironman-70.3-Rennens im chinesischen Hefei.
Im Juli 2023 belegte der 44-Jährige in Hamburg den vierten Rang bei der Weltmeisterschaft auf der Triathlon-Sprintdistanz in der Altersklasse 40–44.
Im Januar 2012 heiratete er die Triathletin Michelle Dillon (* 1973) und lebt in Twickenham, London. Er ist mit seiner Frau als Coach im Team Dillon tätig.[2]