1968 wurde er zum Professor für Moraltheologie an der Katholischen Universität Lublin berufen. 1970 wurde er zusätzlich Direktor der neu gegründeten Abteilung für Vergleichende Religionswissenschaften und Ökumenische Theologie. Ab 1973 nahm er zudem einen Lehrauftrag an der Universität Breslau wahr. Darüber hinaus gehörte er diversen Kommissionen und Synoden zu Fragen der Ökumene an. Er vertrat von 1973 bis 1974 den Vatikan in der vom Sekretariat für die Einheit der Christen des Heiligen Stuhls und dem lutherischen Weltbund einberufenen gemischten katholisch-lutherischen Kommission. 1986 berief ihn Papst Johannes Paul II. in die Internationale Theologenkommission. Er war Direktor der Abteilung „Ökumenische Theologie“ der Redaktion der katholischen Enzyklopädie der Universität Lublin.
Beim Konklave 2005 und beim Konklave 2013 war er nicht wahlberechtigt, da er bereits über 80 Jahre alt war.
Stanisław Nagy trat als Autor von Sachbüchern und Mitverfasser einer Katholischen Enzyklopädie in Erscheinung. Außerdem machte er sich als Verfasser mehrerer Biographien über Papst Johannes Paul II. einen Namen. Seit Priesterjahren verband ihn eine Freundschaft mit Karol Wojtyła, dem späteren Papst Johannes Paul II.
