Er war der Sohn eines Schneidermeisters und studierte ab 1857 in Kopenhagen Chemie mit dem Magister-Abschluss 1863 und der Promotion 1869. Danach war er Assistent an der Universität und ab 1867 lehrte er Chemie am Polytechnikum. 1871 wurde er Lektor an der Universität und 1887 Professor für Chemie (rückwirkend seit 1871). 1908 ging er in den Ruhestand.
Er befasste sich vor allem mit Komplexchemie, besonders solche aus Ammoniak mit Metallen (Cobalt, Chrom, Rhodium, Platin), später Komplexverbindungen mit Wasser und Stickoxiden. Seine umfangreichen Experimente lieferten die Grundlage für die von dem Nobelpreisträger Alfred Werner entwickelte Theorie der Komplexverbindungen. Jørgensen stand dieser zunächst skeptisch gegenüber und debattierte mit Werner, erkannte sie aber ab 1909 an.
Er war Mitarbeiter an Gmelins Handbuch der anorganischen Chemie. Das reflektierte auch sein umfangreiches Wissen auf anderen Gebieten der Chemie. Er war außerdem für seine Genauigkeit und Gewissenhaftigkeit bekannt. Er hatte in Dänemark verschiedene offizielle Positionen (Zucker-Kommission, Arzneibuch-Kommission, Gips-Kommission (für den Erhalt von Gipsabdrücken in Museen), Berater des Zolls).
Literatur
Eintrag in Winfried Pötsch, Annelore Fischer, Wolfgang Müller: Lexikon bedeutender Chemiker. Harri Deutsch 1989
George B. Kauffman: Sophus Mads Jørgensen, A Danish platinum metals pioneer. In: Platinum Metals Review, Band 36, 1992, S. 217–223.
George B. Kauffman: Sophus Mads Jørgensen and the Werner-Jørgensen Controversy. In: Chymia, Band 6, 1960, S. 180–204.
George B. Kauffman: Sophus Mads Jorgensen (1837–1914): A chapter in coordination chemistry history. In: Journal of Chemical Education, Band 36, 1959, S. 521.
George B. Kauffman: Christian Wilhelm Blomstrand (1826–1897) and Sophus Mads Jørgensen (1837–1914). Their Correspondence from 1870 to 1897. In: Centaurus, Band 21, 1977, S. 44.
Helge Kragh: S. M. Jørgensen and his controversy with A. Werner: a reconsideration. In: British Journal for the History of Science, Band 30, 1997, S. 203–219.
↑1869 ein Lehrbuch der quantitativen anorganischen Analyse, ein Lehrbuch der Organischen Chemie (1880, 1906), ein Kleines Lehrbuch der anorganischen Chemie (1888) und Grundlagen der Chemie (1902, 1913) (alle dänisch)