Von 1995 bis 2002 studierte sie Politikwissenschaften an Københavns Universitet; das Studium schloss sie mit einem dänischen Äquivalent des Masters ab. Von 2000 bis 2001 absolvierte sie ein Zweitstudium am College of Europe in Brügge. Hier erhielt sie die Master in europäischer Politik und Administration.
Am 7. Oktober 2020 wurde sie Parteivorsitzende, nachdem der vorherige Parteivorsitzender Morten Østergaard wegen sexuellen Fehlverhaltens in mehreren Fällen und vor allem des öffentlichen Umgangs damit zurücktreten musste. In einem Interview sagte sie der Presse, sie sei wütend über die Vorfälle. Als dann der vierte Fall von sexuellen Übergriffen von Morten bekannt wurden, behauptete sie in einem Pressegespräch, erst kurzfristig darüber informiert worden zu sein und dass sie nichts Näheres wisse.[2]Ida Auken jedoch behauptete das Gegenteil. Auf Facebook schrieb sie, dass sie Sofie Carsten Nielsen befragt hatte, was denn passieren würde mit Morten, jetzt wo er 2017 in Bornholm sehr übergriffig wurde. Sofie hätte, laut Frau Auken, dann klargestellt, dass Morten männliche Begleiter bekommen würde, die ihn daran hindern sollten, weiterhin übergriffig gegenüber Frauen zu sein und ihn, wenn er betrunken werde, ins Bett legen würden. Frau Nielsen behauptete, dass dieses Gespräch 2017 niemals stattgefunden hätte.[3] In einer SMS an Ida Auken schrieb sie: „Ich kann ehrlich sagen, dass du mir das nie gesagt hast. Wir haben oft darüber gesprochen, dass Morten ein Widerling war, dass er dein Gesäß zum Beispiel begrapscht hat.“[4] Kurz darauf bekannte sie, dass Ida Auken die Wahrheit gesagt habe. Ida Auken wurde von mehreren männlichen Kollegen unterstützt – viele drohten mit einem Parteiaustritt, falls Frau Auken wegen ihrer Aussagen entlassen werden würde.[5]
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