Die höchste Erhebung ist der Jelení vrch (947 m) und die wichtigsten Flüsse sind die Slaná, der Štítnik und die Turňa. Das Klima ist warm und gemäßigt kontinental. Das Gebiet besteht aus einigen Schichten Kalkstein und Dolomit aus dem Mesozoikum, daneben gibt es auch Sandstein und wasserundurchlässiges Schiefergestein. Die Ebenen sind von Eichen- und Weißbuchenwäldern, die Hänge von Eichenwald und die Karstsenken von Fichtenwald bedeckt. In den nördlichen Waldgebiete dominieren dagegen Buchenwälder.
Die Karstebenen können in vielen Formationen auftreten, so zum Beispiel als Karstsenken mit Durchmessern bis zu 250 Metern und Tiefen von bis zu 45 Metern, als kegelförmige Berge oder als Trockental. Der unterirdische Karst zeichnet sich vor allem durch seine tiefen vertikalen „Schlunde“ aus:
Čertova diera („Teufelsloch“; −186 m)
Brázda („Furche“; −181 m)
Malá železná priepasť („Kleiner Eisenschlund“; −142 m)
Diviačia priepasť („Wildsauschlund“; −122 m)
Einige dieser Schlunde sind schon zusammengefallen, z. B. die Silická ľadnica (Silica-Eisschlund, −110 m).
Die Region ist bekannt für ihre vielen Höhlen, von denen die Jaskyňa Domica (Domica-Höhle), die Gombasecká jaskyňa (Gombeseker Höhle), die Jasovská jaskyňa (Jossauer Höhle) und die Ochtinská aragonitová jaskyňa (Ochtinaer Aragonithöhle) für die Öffentlichkeit zugänglich sind. Andere erwähnenswerte Höhlen sind noch die Krásnohorská jaskyňa und die Hrušovská jaskyňa. Darüber hinaus gibt es viele Karstseen; der größte von ihnen ist der Jašteričie jazero (übersetzt „Eidechsensee“).
Im Slowakischen Karst kommen auch einige seltene Pflanzen vor, so zum Beispiel:
