Das Dorf wurde im Zeitraum 1059–1072 erstmals urkundlich genannt.[1] Der Ort kam 1290 als Reichslehen an die Grafen von Rothenburg.
In dem landwirtschaftlich geprägten Ort gab es ab 1915 einen Haltepunkt der Kyffhäuser Kleinbahn. Der Verkehr wurde am 5. Juni 1966 eingestellt. 1974 wurde Sittendorf nach Kelbra eingemeindet.
Söhne und Töchter des Ortsteils
Eduard Dietrich (1860–1947), Arzt und Medizinalbeamter in Preußen