Der Erstflug der S-40 im Dienste der Pan Am fand am 19. November 1931 unter dem Kommando von Charles Lindbergh statt und führte von Miami nach Barranquilla (Kolumbien). Zuvor hatte die Ehefrau des damaligen US-Präsidenten Herbert C. Hoover das Flugzeug auf den Namen American Clipper getauft. Damit begründete die S-40 die Tradition der Namensgebung von Pan-Am-Flugzeugen, die bis zum Ende des Unternehmens Clipper-Namen trugen. Die beiden anderen S-40 erhielten die Namen Caribbean Clipper und Southern Clipper.
Die S-40 wurde auf Linienflügen nach Mexiko, Kuba und zu den Bahamas eingesetzt, bis sie von ihrem Nachfolgemodell, der Sikorsky S-42, abgelöst wurde.