Der Saalbau mit zwei Achsen und hohen Rundbogenfenstern besitzt einen dreiseitigen Chorschluss. Das Bauwerk wird durch ein durchgehendes Satteldach gedeckt und von einem Dachreiter mit Zwiebelhaube über dem Giebel bekrönt.
An der Straßenseite befindet sich das Rundbogenportal mit Sandsteingewände über dem ein Sandsteinrelief angebracht ist. Es stellt den heiligen Sebastian auf den Wappen der Enzberg und der Stadt Mühlheim mit Stiftungsjahr dar.
Die Empore wurde im ersten Drittel des 18. Jahrhunderts eingebaut. Das Kirchenschiff wird von einer flachen Holzpaneelendecke abgeschlossen. Der Altar aus dem Jahr 1727 ist dem heiligen Sebastian geweiht. Im Auszug ist der zweite Pestpatron, der heilige Rochus, dargestellt.
Literatur
Heide Weißhaar-Kiem: Kirchen und Kapellen in Mühlheim an der Donau. Hrsg. vom katholischen Pfarramt Mühlheim an der Donau, EOS Druckerei, St. Ottilien (ohne Jahr und ohne ISBN), S. 21–22.