Im Jahr 2002 gewann Sebastian Schwager erstmals auf sich aufmerksam in der Juniorenklasse zwei Etappen und die Gesamtwertung der Cottbuser Bundesliga Etappenfahrt und eine Etappe der Trofeo Karlsberg, bei der er zudem den zweiten Gesamtrang erreichte.
Zur Saison 2007 wechselte er zum ProTeamMilram. Er nahm an der Vuelta a España 2008 teil und beendete die Rundfahrt als 115. Nachdem der Vertrag 2009 nicht verlängert worden war, beendete er seine Karriere.
Ende März 2009 begann er an der Hochschule Ansbach das Bachelor-Studium International Management, einem Studiengang, der an der HS Ansbach angepasst und speziell für Spitzensportler konzipiert wurde.[1]