10 Vereine der Axpo Super League sowie 15 Klubs der Challenge League waren direkt für den Schweizer Cup qualifiziert (nicht spielberechtigt aus der Challenge League war der FC Vaduz, der am Liechtensteiner Cup teilnahm). Dazu stiessen 14 Klubs aus der 1. Liga sowie 25 Klubs aus den Amateur-Ligen. Diese mussten sich in Regionalausscheidungen für den Schweizer Cup qualifizieren. Es wurde im K.-o.-System gespielt.
1/32-Finals (19. bis 21. September 2003): 64 Teams, die Sieger waren für die 1/16-Finals qualifiziert.
1/16-Finals (17. bis 19. Oktober 2003): 32 Teams, die Sieger waren für die Achtelfinals qualifiziert.
Achtelfinals (8. und 9. November 2003): 16 Teams, die Sieger waren für die Viertelfinals qualifiziert.
Viertelfinals (7. Dezember 2003): 8 Teams, die Sieger waren für die Halbfinals qualifiziert.
Halbfinals (3. und 4. März 2004): 4 Teams, die Sieger qualifizierten sich für das Endspiel.
Final (12. April 2004): Der Sieger gewann den 79. Schweizer Cup.
Teilnehmende Mannschaften
Axpo Super League die 10 Vereine der Saison 2002/03
Challenge League 15 Vereine der Saison 2002/03
1. Liga 14 Vereine der Saison 2002/03
2. Liga Interregional 12 Vereine der Saison 2002/03
Die Teams aus der Axpo Super League und der Challenge League konnten nicht aufeinandertreffen. Die Mannschaft, die in einer niedrigeren Liga war, erhielt den Heimvorteil.
Die Teams aus der Axpo Super League konnten nicht aufeinandertreffen. War eine Mannschaft in einer niedrigeren Liga, erhielt diese den Heimvorteil, ansonsten die erstgezogene Mannschaft.
Die Begegnungen wurden ausgelost, jeder konnte auf jeden treffen. War eine Mannschaft in einer niedrigeren Liga, erhielt diese den Heimvorteil, ansonsten die erstgezogene Mannschaft.