Nach der Zerstörung der alten Santo-Domingo-Kirche in Intramuros während des Zweiten Weltkrieges 1942 wurde eine neue Heimstatt für die La Naval de Manila gesucht. Man entschied sich für einen kompletten Neubau in Quezon City. Der Bau begann 1954 und wurde 1964 fertiggestellt. Die neue Kirche wurde in einem modernen klassizistischen Baustil ausgeführt. Am 8. Dezember 1971 wurde die Kirche dem Dominikanerorden zugesprochen und am 23. Februar 1972 eine eigene Pfarrei etabliert.