Bottschild entstammte einer Malerfamilie. Sein Vater Andreas Bottschild der Ältere war Freskomaler, auch sein elf Jahre älterer Bruder Johann Andreas war Maler. Von beiden erhielt Samuel seinen ersten Unterricht. Er war seit 1660 in der Gegend um Leipzig tätig und ging dann nach Dresden.
Während sich Bottschild zunächst der Malerei widmete und vor allem Porträts malte, wandte er sich nach seiner Italienreise der Deckenmalerei zu. Der Hofstecher Moritz Bodenehr gab 1693 eine Sammlung mit Stichen nach Gemälden von Bottschild heraus. Sie trägt den Titel Opera varia historica, poetica et iconologica.
Werke (Auswahl)
Wand- und Deckengemälde im Festsaal des Palais im Großen Garten zusammen mit Heinrich Christoph Fehling, um 1685/90. (im Zweiten Weltkrieg zerstört)