Seit 2001 war Bodman als Nachfolger von Robert L. Mallett stellvertretender Handelsminister in der Regierung von George W. Bush; später wurde er stellvertretender Finanzminister (Deputy Secretary of the Treasury). Am 10. Dezember 2004 wurde er als Nachfolger von Spencer Abraham zum Energieminister (Secretary of Energy) ernannt. Dieses Amt übte er bis zum Ende der Präsidentschaft von George W. Bush im Januar 2009 aus. Danach wurde er Mitglied im Board of Directors von DuPont.