Samuel Adrianus war Sohn des Militärarztes Johan Willem Anton Naber (* 27. Juli 1797 in Den Haag; † 29. April 1876 in Amsterdam) und dessen Frau Catharina Elisabeth Meerburg (* 28. Juli 1799 in Leiden; † 24. Januar 1840 in Den Haag). Nach dem Besuch der französischen Schule und des Gymnasiums in seiner Geburtsstadt absolvierte er ab 1845 ein Studium der klassischen Sprachen an der Universität Leiden. Hier wurden unter anderem Carel Gabriel Cobet und Petrus Hofman Peerlkamp seine prägenden Lehrer. 1850 promovierte er in Leiden mit der Arbeit De fide Andocidis orationis de mysteriis zum Doktor der Literatur. 1851 ging er als Konrektor an das Gymnasium in Haarlem, wo er 1858 das Rektorat übernahm. 1860 wechselte er als Rektor an das Gymnasium Willem III in Batavia, war kurzzeitig am städtischen Gymnasium in Leiden aktiv, 1864 zog er als Konrektor an das Gymnasium in Zwolle, wo er 1868 zum Rektor aufstieg.
Naber verheiratete sich am 4. Juli 1855 in Haarlem mit Anna Elizabeth l’Honoré (* 12. Juli 1830 in Den Haag; † 9. April 1915 in Amsterdam), die Tochter des Samuel Pieter l’Honoré (* ± 1791 in Den Haag; † 18. April 1861 in Den Haag) und dessen erster Frau Elizabeth Rebecca Oorthuijs (* ± 1795 in Rotterdam; † 6. Juni 1835 in Den Haag). Aus der Ehe stammen drei Söhne und drei Töchter:
Elisabeth Rebecca Naber (* 3. Dezember 1856 in Haarlem; † 19. Februar 1857 in Haarlem)
Jean Charles Naber (* 11. März 1858 in Haarlem; † 14. Februar 1950 in Utrecht), Rechtswissenschaftler
Johanna Wilhelmina Antoinette Naber (* 25. März 1859 in Haarlem; † 30. Mai 1941 in Den Haag), Autorin, Feministin und die erste Historikerin der niederländischen Frauenbewegung
Alida Catharina Naber (* 14. Oktober 1862 in Leiden; † 7. Mai 1952 in Den Haag) verh. 28. Juli 1896 in Amsterdam mit Albertus Poutsma (* 28. Dezember 1858 in Gorredijk; † 11. März 1941 in Blaricum)
Samuel Pierre l’Honoré Naber (* 30. Januar 1865 in Zwolle; † 14. Mai 1936 in Den Haag)
Henri Adrien Naber (* 11. September 1867 in Zwolle; † 27. Juni 1944 in Soest) verh. 7. August 1902 in Haarlem mit Petronella Jacoba Boelen (* 12. November 1870 in Arnhem; † 28. April 1953 in Soest)
Werke (Auswahl)
Specimen philologicum inaugurale de Fide Andocidis orationis de Mysteriis. Leiden 1850
Sex. Aurelii Propertii Cynthia cum libro quarto Elegiarum qui Propertii nomine fertur. Editio novum in ordinem digesta recensente Dominico Carutti. Den Haag 1869
Oratio de studiis propaedeuticis. Amsterdam 1871
Briefe über Berliner Erziehung. 1873
Quaestiones Homericae. Amsterdam, 1877
Verisimilia. Amsterdam, 1886
Vier tijdgenooten. 1894
Flavii Iosephi opera omnia. Leipzig 1896
Allard Pierson herdacht. Haarlem 1897
Literatur
H. van der Hoeven: Naber, Samuel Adrianus (1828–1913). In: Biografisch Woordenboek van Nederland. Den Haag, 1979, Bd. 1, (Online)
G. E. W. van Hille: Levensbericht van Samuel Adrianus Naber. In: Jaarboek van de Maatschappij der Nederlandse Letterkunde. Brill, Leiden, 1915, S. 1–58, (Online)
K. Kuiper: Levensbericht S. A. Naber. In: Jaarboek van de Koninklijke Akademie van Wetenschappen te Amsterdam 1914. Amsterdam, 1914, S. 78–112 (Online PDF)